地名由来：因境内“菏泽牡丹甲天下”而得名。
2022年8月，牡丹区入选2021年青年人才首选山东20强城市。
2021年6月，牡丹区上榜2021中国生活品质百优县市，位列第54。
2021年5月，根据第七次全国人口普查结果，牡丹区人口数量为109.87万人，位列菏泽市各县区人口数量排行榜第3位，位列山东省各县市区人口数量排行榜第14位，位列全国各县市区人口数量排行榜第188位。
2021年1月，2021年山东省136个县市区经济实力排名出炉，牡丹区位列第88名。
2020年11月，水利部公布第三批节水型社会建设达标县（区）名单，牡丹区上榜。
2020年9月，阿里研究院发布《2020年淘宝村百强县》，牡丹区上榜，排名第28位。
2020年6月，牡丹区列入第二批革命文物保护利用片区分县名单（冀鲁豫片区）。
政区人口牡丹区是菏泽市委、市0所在地，全市唯一市辖区，是全市政治、经济、文化中心，全区总面积1250平方公里，总人口107万，现辖21个乡镇办事处，是全国著名的书画之乡、戏曲之乡、武术之乡和中国牡丹城。全区粮食生产、平原绿化、生态农业均跨入全国先进行列，林业面积发展到42.8万亩，牡丹花卉面积11.5万亩，林木覆盖率达到33.5%。
历史文化牡丹区历史悠久，文化资源丰富灿烂，历代名人辈出，南北朝著名文学家温子升、一代禅宗大师临济、唐末农民起义领袖黄巢，近代著名爱国人士、教育家何思源，抗日名将赵登禹、姜玉贞等彪炳千秋、影响深远；尧帝访贤、葛巾玉版等动人故事、美丽传说也广为流传。
地理物产牡丹区地处黄河冲积平原，属暖温带、季风型、大陆性气候，光热充足，四季分明，土质肥沃，水系健全，为农林牧副渔各业的发展提供了得天独厚的条件，是国家重要的粮棉油、林业、鲁西黄牛、青山羊板皮生产基地和全国生态农业示范区，也是全国最大的牡丹生产、科研、出口基地和观赏旅游区。煤炭、石油、天然气等地下矿藏储量丰富，是-、巨野煤田的重要组成部分。劳动力充足，已形成“天将保安、天香园艺、天使家政、天巧焊接、天工缝纫”五大劳务品牌，每年劳务输出约18万人。
交通公路交通大动脉京九铁路和新亚欧大陆桥的新石铁路在城区十字交汇，日东、济广、菏徐、德商等六条高速公路在城郊呈“米”字型分布，220、327国道和临商省道等22条主干线公路遍布全区，距济南、郑州国际机场均在200公里左右，现代化的交通运输网络基本形成，已成为中原地区南下北上、东进西出的重要通道和辐射周边四省的商品集散中心。
经济概况坚持以“扩大开放、富民兴区”为指导思想，按照“调整优化第一产业，做大做强第二产业，放开搞活第三产业”的工作思路，不断加大结构调整力度，产业比例关系渐趋协调，三次产业比调整到21.9∶43.2∶34.9。农业形成了以牡丹为主的花卉生态林业、以绿色无公害农产品为主的瓜菜业、以“两羊两牛”为主的畜牧业等三大主导产业。医药化工、食品酿造、林产品加工、纺织服装、机械电子、能源化工等六大支柱行业已初步形成，培植出了山东步长制药有限公司、青啤(菏泽)有限公司、山东佳美食品有限公司、菏泽睿鹰制药集团公司、山东广源铜带有限公司和菏泽瑞和纺织有限公司等一批支撑带动经济发展的骨干企业。
招商引资始终把优化环境放到经济发展生命线的位置来抓。对所有外来投资者，坚持按照“税赋从轻、优惠从宽、手续从简”的原则，提供最优惠的政策、最优质的服务、最优良的环境。在项目办理上，实行“全托式”服务，“一站式”办结。在外部环境上，对重点企业和入园项目实行封闭式管理，保证企业生产经营环境良好。在激励机制上，区财政每年列支500万元奖励基金，对引荐项目到区内投资的，按到位资金的1%予以奖励。在载体建设上，我们按照建设“外向型工业园，现代化新城区”目标，规划了12.1平方公里的牡丹工业园，举全区之力推进园区建设，先后投入基础设施资金7.6亿元，实现了“七通一平”和绿化、亮化、美化；目前，园区累计引进项目130多个，总投资过百亿元，其中高新技术项目36个；投产企业65家，初步形成了医药加工、机械电子、休闲食品三大主导产业。2008年，牡丹工业园区被省0批准为省级高新技术产业开发区，医药产业集群成功列入中国县域产业集群竞争力百强，成为支撑全区经济增长最重要力量。
贸易物流城区“三横五纵”商业街初具规模，已建成服装、建材、电子电器等18处专业批发市场，菏泽牡丹商贸区被确定为省级商贸园区，现代物流等新兴服务业快速发展。以“花城、水邑、林海、商都”为特色的生态园林城市建设不断加快。已建成投产的装机总容量215万千瓦的菏泽发电厂和现已开工建设的2×600兆瓦的华润电力菏泽电厂，可为生产、生活提供充裕的能源。海关、商检、卫检、动植物检、口岸、集装箱站及货运代理等涉外服务机构配套齐全。城区内商业区、住宅区、风景旅游区布局合理，星级宾馆、文化娱乐中心等公用服务设施一应俱全，已初步具备了现代化城市的雏形。
旅游发展菏泽是驰名中外的牡丹之乡。牡丹区以“牡丹”著称于世。菏泽牡丹，花-艳，雍荣华贵，明清时已“誉满齐鲁”、“甲于海内”，目前种植面积8万多亩，品种1000多个，是目前世界上面积最大，品种最多，花色最全的牡丹生产、科研、出口基地和观赏旅游区。在1999年昆明世界园艺博览会上，菏泽牡丹大放异彩，冠盖群芳，夺得花卉类牡丹奖111枚奖牌中的81枚。2002年，菏泽牡丹在首届全国牡丹花展中再次以她那独特魅力为世人瞩目，在总共128枚奖牌中菏泽荣获86枚。九曲黄河在牡丹区境内达14.8公里。咆哮奔腾的黄河水和秀美的滩区景色，为花乡菏泽平添了几分神奇和神圣。一年一度的国际牡丹花会和中国林产品交易会，吸引了大批海内外游人和客商前来观光旅游，投资兴业，同时，黄河文化旅游景区、临济文化景区、中华祖源景区、牡丹生态游憩区已进入实质性建设阶段。使牡丹区成为山东黄金旅游热线—“泰山揽胜，曲阜怀古，菏泽赏花”的重要组成部分。
区人民0驻中华西路120号，邮编：274009。代码：371702。区号：0530。拼音：MudanQu。
行政区划
牡丹区辖10个街道、12个镇、2个乡：东城街道、西城街道、南城街道、北城街道、牡丹街道、丹阳街道、岳程街道、佃户屯街道、何楼街道、万福街道、沙土镇、吴店镇、王浩屯镇、黄堽镇、都司镇、高庄镇、小留镇、李村镇、马岭岗镇、安兴镇、大黄集镇、吕陵镇、胡集乡、皇镇乡。其中，丹阳街道、岳程街道实际由开发区管辖。
历史沿革
因境内盛产牡丹，且被誉为“牡丹之乡”，故名牡丹区。
西周为曹国北境。秦属东郡。西汉为句阳（治所在今菏泽市北12千米小留镇）、葭密（治所在市区西北12千米葭密寨）、吕都等县地，均属济阴郡。东汉葭密、吕都2县省入句阳县，仍属济阴郡。北魏太和十二年（488年）于今市区置乘氏县，属济阴郡。大业末年废乘氏县。唐武德四年（621年）复置乘氏县，属曹州。北宋初属曹州，崇宁元年（1102年）曹州升为兴仁府，乘氏县属之。金大定六年（1166年）废乘氏县入济阴县，八年（1168年）济阴县城为黄河水淹没，曹州与济阴县遂徙治所于故乘氏县城（今菏泽市区）。
元济阴县仍属曹州。明洪武元年（1368年）省济阴县入曹州。二年徙曹州治所于今曹县城，四年降曹州为曹县。正统十一年（1446年）复于故乘氏县城置曹州。清雍正二年（1724年）曹州升为直隶州，十三年（1735年）曹州直隶州又升为曹州府，以原州治所在地置菏泽县以为府治。
1913年菏泽县属岱南道（翌年更名济宁道）。1925年属曹濮道。1928年废道，直隶于省。1936年属国民党山东省第二行政督察区。1941年2月抗日民主政权于巨野、菏泽毗连地区设巨菏县，属鲁西行政区第二专区。同年3月于县境南部成立菏泽县抗日0，属冀鲁豫行政区第三（鲁西南）专区（同年7月改称冀鲁豫第七专区，9月改称晋冀鲁豫边区第二十二专区，1942年12月改称晋冀鲁豫边区第二十专区，1944年8月改称冀鲁豫行政区第十专区）。1942年9月于县境西北部、东明东部设立南华县，属鲁西南专区。同年12月巨菏县与郓南县合并为郓鄄巨菏四县边区（县），属晋冀鲁豫第十七（运西）专区；1943年11月郓鄄巨菏四县边改建为临泽县，仍属晋冀鲁豫第十七专区（1944年8月改称冀鲁豫第八专区）；1944年12月又分为临泽、郓巨2县，此临泽县在今市境西北部，时临泽与南华2县均属冀鲁豫行政区第八（运西）专区第二办事处管辖。
1945年11月南华县复属鲁西南专区。1946年1月28日于菏泽城区置菏泽市，直属冀鲁豫行政区，冀鲁豫行政公署驻此，同年11月撤销。1948年3月南华县又划归运西专区。同年11月临泽县改称菏泽县；原设于今市南境的菏泽县改称安陵县（县0驻安陵集）；2县均属冀鲁豫行政区第五（鲁西南）专区。
1949年8月南华、安陵2县撤销，大部并入菏泽县，南华县之一小部并入东明县，菏泽县属新设的平原省菏泽专区。同年3月原属菏泽县的菏泽城关区升为县级，直属于冀鲁豫行政区，同年8月冀鲁豫行政区撤销，直属平原省菏泽专区，为专署驻地，至1953年8月改为菏泽城关镇，属菏泽县。1952年11月菏泽县随菏泽专区划归山东省。1958年12月菏泽专区撤销，改属济宁专区。1959年7月复置菏泽专区（1967年改称菏泽地区），菏泽县仍为专署驻地。1960年1月撤销菏泽县，设立菏泽市。1963年3月撤市复县。1983年8月撤销菏泽县，设立菏泽市。 （以上摘自《山东省志》）
2000年6月23日，国务院批准，撤销菏泽地区和县级菏泽市，设立地级菏泽市。菏泽市设立牡丹区，以原县级菏泽市的行政区域为牡丹区的行政区域。
1989年2月24日，撤销菏泽市高庄、马岭岗、王浩屯、皇镇、黄和市郊6个农村办事处；撤销菏泽市马垓回族乡，将其行政区域划归胡集乡。
1995年10月23日，撤销菏泽市牡丹乡、岳程庄乡，设立牡丹街道办事处、岳程街道办事处；撤销都司乡、吴店乡、大黄集乡，设立都司镇、吴店镇、大黄集镇。
1998年，辖7个街道、14个镇、15个乡：丹阳街道、南城街道、北城街道、西城街道、东城街道、牡丹街道、岳程街道、黄岗镇、辛集镇、都司镇、高庄镇、金堤镇、小留镇、王浩屯镇、吴店镇、李村镇、马岭岗镇、安兴镇、大黄集镇、吕陵镇、沙土镇、杜庄乡、胡集乡、新兴乡、皇镇乡、何楼乡、佃户屯乡、贾坊乡、二郎庙乡、庞王庄乡、马村乡、解元集乡、李庄集乡、白虎集乡、刘寨乡、侯集乡。
1999年12月22日，撤销菏泽市李庄集乡，设立李庄集镇（鲁政函民字[1999]37号）。
2000年，牡丹区辖7个街道、15个镇、14个乡。 根据第五次人口普查数据：1280031人，各乡镇人口：东城街道72020西城街道50301南城街道62862北城街道43095丹阳街道87394牡丹街道36485岳程街道31221黄堽镇39236辛集镇23677都司镇32203高庄镇25093金堤镇26666小留镇31363王浩屯镇47940吴店镇27858李村镇32929马岭岗镇30077安兴镇41072大黄集镇38622吕陵镇28455沙土镇41795李庄集镇21144马村集乡15611解元集乡25341何楼乡38124杜庄乡40982佃户屯乡41066胡集乡33758新兴乡35751贾坊乡24365二郎庙乡24667皇镇乡31755白虎集乡30445刘寨乡17469侯集乡28107庞王庄乡21082
全区辖北城、西城、南城、东城、丹阳路、牡丹、岳程7个街道办事处，黄堽、小留、辛集、安兴、沙土、高庄、李村、吕陵、马岭岗、金堤、王浩屯、都司、吴店、何楼、大黄集15镇，刘寨、佃户屯、马村集、侯集、胡集、皇镇、庞王庄、新兴、李庄集、白虎集、解元集、二郎庙、贾坊、杜庄14乡。区人民0驻中华七路。面积1432平方千米。人口125.6万。
截至2002年12月31日，牡丹区辖8个街道、13个镇、3个乡。