地名由来：南村自然村始建于明洪武年间，张跃福由云南桑落树迁此建村；后王、姜、刘、韩等姓相继而至，因灾荒战乱逃难者至此甚多，故得名“难村”；居民安乐耕种后，因坐落在助水河南岸，改名南村。

2023年4月，山东省住房和城乡建设厅确定南村镇为山东省小城镇创新提升行动试点镇（卫星镇）。

2021年12月，山东省农业农村厅认定南村镇为2021年山东省级农业产业强镇。

2021年10月，南村镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第280位。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，南村镇榜上有名。

2020年12月，住房和城乡建设部命名南村镇为全国无障碍环境示范市县村镇。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，南村镇榜上有名。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，南村镇位列第247名。

2017年12月，南村镇入选2017年山东省卫生乡镇名单。

2017年8月，南村镇被国家住房和城乡建设部认定为第二批全国特色小镇。