地名由来：因地处长江分岔的小河口上而得名。1974年10月，石首市撤区并社，永合公社（永合垸）、小河公社（张智垸）从调关区分离出来，河口公社（六合垸）从东升区分离出来，组成新的小河公社。1983年底，设小河口区，1987年，更名为小河口镇。1999年3月，辖区内的河口、天鹅、沙口、千字头等4个村成建制划给天鹅洲经济开发区。

2023年1月，小河口镇被授予2022年湖北省森林城镇称号。

2021年2月，湖北省环境保护委员会命名小河口镇为2020年度湖北省省级生态乡镇。

2020年7月，全国爱卫会命名小河口镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

2009年1月，小河口镇上榜第二届全国文明村镇名单。

2005年10月，小河口镇上榜第一届全国文明村镇名单。

石首市辖镇。1986年经前设小口公社，1986年撤县建市设小河口镇。位于市境东北部，距市区22.1公里。面积188.8平方公里，人口3.9万。南濒长江、北通监利。辖中洲、永合闸、神皇庙、新河、黑瓦屋、毕家铺、天心洲、郑家台、季家咀、半头岭、黄沙咀、杨苗洲、河沟子、合兴、南河口、新江、南河洲、杨波坦、老洲岭、小河口、河口、沙口、天鹅、千字头24个村委会和小河口居委会。长江迂回流经此地，大片长江故道成为农牧、旅游开发地。主产粮食、棉花、油料。乡镇企业以服装、粮棉油加工为主。.

历史沿革：

清末，全县划分为4乡，属东乡；1912年，全县调整为9区，永合垸属东2区，张智垸属北2区；1926年，全县划为9区2市，所辖永合垸属来市区，所辖张智垸属横沟市区；1932年，全县设5区，属调关区；1935年，全县由5区调整为3区，属调关区；1945年，全县编为20个乡镇，永合垸属守望乡（来市），张智垸属小河乡；1948年，全县设20个乡，属小河乡。

1951年，全县改为9区1镇，永合垸属第三区（调弦），张智垸属第8区（新厂）；1957年，全县设3区，另县直辖6乡2镇，永合垸属调关区，张智垸属江北区。

；1958年，全县设6社，1个县国营农场，所辖永合垸属桃花公社，所辖张智垸属人民大垸公社；1961年，全县改为5区2镇，属调关区；1974年，全县撤区并社，将全县45个公社并为11个大公社，1个县辖社，县国营良种场未变。

设立小河公社，辖小河、南河、河口、永合4个管理区；1984年，全县撤社建区设乡，设小河口区，辖永合垸乡、张智垸乡、河口乡和小河口镇；1987年，区、乡体制改革后，更名为小河口镇至今；1999年，辖区内河口、天鹅、沙口、千字头等4个村成建制划归天鹅洲经济开发区。