地名由来：境域内农团山上有一飞龙峡景区，飞龙峡山体如断臂大佛，水形似游弋烈龙，民间传说有佛抱飞龙，断臂为景之说，故而得名。撤销农团乡、漆树乡时，以其而镇名。

2023年1月，四川省爱卫办确定飞龙峡镇为2022年四川省卫生乡镇（街道）。

2019年，撤销农团乡和漆树乡，设立飞龙峡镇，以原农团乡和原漆树乡所属行政区域为飞龙峡镇的行政区域，飞龙峡镇人民政府驻俞冲市街144号。

历史沿革：

民国18年（1929）以乡建团，以团统甲，漆树乡属协和团，属宜宾县白花镇管辖。

民国29年（1940）撤销联保制，改协合团为漆树乡。

1950年8月，分漆树乡第三保、五保、六保建农团乡，由宜宾县管辖。

同年12月，漆树、新民2乡合并为漆树乡。

1958年8月，漆树、农团2乡合并为漆树公社。

1959年8月，由宜宾县划归自贡市郊区（今自贡市沿滩区）管辖。

1960年2月，漆树公社并入俞冲公社，同年12月撤俞冲公社复置漆树公社。

1962年2月，漆树公社划出原农团乡分置。

2005年8月，由沿滩区划入自流井区。

2019年9月，撤销农团乡、漆树乡，设立飞龙峡镇。

飞龙峡镇是撤乡并镇后的新兴乡镇，现行政区域为原漆树乡和原农团乡的行政区域。

早在1958年7月原漆树乡与原农团乡就曾合并为漆树人民公社，由宜宾县管辖，行政区域与现在的飞龙峡镇相同，1962年2月农团乡从漆树人民公社划出单独设立行政单位。

2019年9月，根据省市区关于乡镇行政区划调整改革工作的要求，原漆树乡和原农团乡，优化了乡镇布局，合并为飞龙峡镇，重塑了经济地理格局。