地名由来：明代初期余姓人氏在此开设客栈，称余家店，后简称余店。

2019年7月，余店镇入选2019年全国农业产业强镇建设名单。

新蔡县余店镇位于淮河流域的汝河中下游，地处新蔡县城西南25公里，下辖20个行政村和1个国营蛟停湖农场，254个自然村，401个村民组，总人口65657人，总面积135平方公里，耕地115880亩。镇党委下辖33个党（总支）支部，其中农村党支部20个、镇直（总支）支部13个，现有党员1202人。

近年来,镇党委、镇政府树立“围绕经济抓党建，抓好党建促发展”的指导思想，认真落实科学发展观，大力实施全民创业，稳步推进新农村建设，扎实开展平安余店创建，有力促进了全镇“三个文明”建设协调发展。该镇先后被评为省级先进基层党组织、社会治安综合治理先进乡镇，市级先进基层党组织、平安杯乡镇、信访工作先进乡镇、安全乡镇、文明村镇、农业综合开发先进单位，县级综合目标先进单位。

历史沿革：

1948年属新蔡县三区（陈店）。

1951年为新蔡县四区（余店）。

1956年属余店中心乡。

1957年设立余店乡。

1958年成立跃进人民公社。

1960年改称余店人民公社。

1983年改设余店乡。

2005年蛟停湖乡并入余店乡。

2011年设余店镇。