地名由来：明代时处于沧海之中，名“浪白”，与连湾山对峙，自成一港，从打银咀到鸡心洲中间海峡，东西相通，船舶南北可泊，为当时著名的天然良港“浪白澳”（“澳”即港口）。“浪白澳”之南称南水，之北称北水。清光绪四年（1878年），浪白因渔货交易兴旺而被立为“南水墟”，“南水”从此定名。

2023年4月，2022年广东省乡村治理示范镇名单出炉，南水镇在列。

2021年10月，南水镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第42位。

2020年7月，全国爱国卫生运动委员会重新确认南水镇为2020年国家卫生乡镇（县城）。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，南水镇位列第221名。

2012年12月，环境保护部授予南水镇2010—2011年度国家级生态乡镇称号。

1957年设南水乡，属中山县。1961年改南水公社，属珠海县。1979年珠海设市，划属香洲区，1986年建镇。位于市境西南部，由南水半岛和高栏、荷包等10多个岛屿组成，陆地面积84平方公里，人口0.8万。镇中心距市城区中心40公里、珠海港口9公里、珠海机场20多公里，水路距香港45公里、澳门15公里。市区至港口的高速公路直达镇南，珠海国际深水港位于辖区内。辖南水、海安、南郊、南场、金龙、高栏、沙白石、铁炉、飞沙、荷苞10个村委会。以农、渔业为主，产品有稻谷、虾、蟹、鱼等。建有1个墟镇。境内发现的具有3000多年文化历史的摩崖石刻画是广东省重点保护文物。

历史沿革：

北宋以前，南水属于新会县。

南宋绍兴二十二年（1152年），划归东莞县的香山寨，后设立香山县（今中山市），属香山县黄梁都，隶属于广州府。

明嘉靖八年（1529年），广州府香山县在浪白设置市舶，属广州市舶司管辖，为明朝主要通商口岸之一。

民国十四年（1925年），香山县改为中山县，南水（包括北水、连湾）是中山县第七区（三灶区）的一个乡。

1953年，珠海从中山县划出，成为珠海县，南水是珠海县第三区（三灶区）的一个乡。

1958年，珠海县再度和中山县合并，成立三灶公社，南水为三灶公社的一个乡，高栏定为中山县地方国营盐场。

1961年，恢复珠海县，南水仍为三灶公社的一个乡，但连湾、北水从阐水划出，连湾划归平沙农场，北水被立为北水蚝场，直属广东省水产厅管辖。

1962年，南水从三灶划出，成立南水公社，管辖1条街道、17个村庄、18个海岛。

1979年3月5日，珠海县改为珠海市，南水为珠海市的一个公任。

1982年6月，南水公社改制为南水区公所。

1984年8月，珠海市设立县级建制的香洲区，南水属香洲区的一个区公所。

1987年4月，南水撤区建镇为香洲区南水镇。

1988年12月12日，珠海市设立行使县级权限的三灶管理区，南水镇、三灶镇及小林镇划归三灶管理区。

1993年，划归珠海港管理区管理。

1994年4月，南水镇从二社区独社孙分和国港管理区管辖。

1999年12月，南水被国务院体改办列为国家级小城镇综合改革试点镇，行使部分县级经济管理权限。

2001年4月4日，珠海市成立金湾区，南水、三灶、小林、平沙和红旗5个镇及金海岸街道划归金湾区管辖。

2006年7月3日，珠海临港工业区和南水镇实施“区镇合一”体制改革新模式，正式成立珠海高栏港经济区。