地名由来：古时，从县城向西沿盘峪河有一条大路，是川、陕、鄂、豫客商和朝廷及军马行人的必经之道，特别是河南、光化、老河口、襄阳、保康等地到四川挑盐，贩卖特产，必须在这里歇店、住宿，人们依山傍水盖房屋、建店铺，做贸易，形成街道。下街头店铺命名下店子街，俗称下店子。上街头至河对面，建有驿站和屯兵养马的场所，街头店铺称军马铺。军店是军马铺和下店子街的合称。

2020年5月，军店镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。

2018年12月，湖北省生态环境厅命名军店镇为2018年度湖北省省级生态乡镇。

2014年7月，军店镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

房县辖镇。1949年至1976年为羊峪公社，1977年更名为军店公社，1984年改置军店镇。位于县境中部偏西，距县城13公里。面积160.7平方公里，人口4万。316国道过境，有军店、盘峪、易沟3条主河流。辖双柏、中村、双庙、回龙寺、月明、上茅坪、下茅坪、指北河、山溪沟、杜家沟、灯草沟、高山溪、郭家庄、刘家畈、何家树、向家湾、关桥、方家畈、石家坡、滴水岩、易沟、土坎、军马、松柏、小峪、西土城、荒峪、花果、洞子、烂泥湖30个村委会和军店街、下店子、军马铺3个居委会。农业主产稻谷、小麦、玉米、油菜子。境内有水库2座，有清初创建、道光十八年(1838)重修的道教圣地显圣殿，为省重点文物保护单位。.

历史沿革：

清嘉庆六年（1801）二月，筑房山寨，寨前有下店子市，光绪年间设军马铺直保，属西乡白土堰团；晚清，归白土堰团辖管；明国23年为一区所辖；1931年为军店区苏维埃乡政府所在地；1941年9月，军马铺与下店子合并为军店镇；1946年5月，军店镇辖25保；1949年10月，设军店区；1950年8月，改为第二区人民政府；1956年3月，改为军店镇，辖军店街、茅坪、羊峪、乐园、百家、化龙、军马“六乡、一镇；1958年11月，改为军店人民公社，辖7个管理区，51个大队，320个生产队；1961年6月，改为军店区区公所；1968年9月，成立军店区革委会；1975年3月，房县撤区并社，军店镇改为军店人民公社革委会，辖军店街、化龙公社、泗河公社、军马公社、竹桥公社的西岭、庄房大队；1977年11月15日，军店公社军店镇的三个大队（下店子、军店、军马铺）划归羊峪公社，并把羊峪公社改名为“军店公社”，社址为军店镇，军店公社改名为“化龙公社；1982年，军店公社辖25个大队，即一大队（下店子）、二大队（军店）、三大队（军马铺）、易沟、滴水、高山旗、油茶山（石坡）杜沟、方畈、灯草沟、三溪沟、官桥、六谷、油坪、新农村（下茅坪）郭庄、何家村、向湾、刘畈、月明、堆金（上茅坪），双柏、中村、双庙、回龙寺；1984年6月设区建乡，撤销公社、大队、生产队，建立区、乡、村、居民组，军店公社改名为军店镇，为县辖镇。

全镇版图面积为168.59平方千米，辖五乡（双柏、茅坪、羊峪、军马、泗河）一个办事处（军店街）；1987年9月，将泗河乡划归化龙堰镇。

军店镇辖军店街，羊峪口、茅坪、双柏、军马五个办事处；1989年3月，又将办事处改为管理区，将军马办事处管辖的白果、指北、洞子三个村划为指北管理区。

全镇辖一个办事处，五个管理区，33个村（居）民委员会；2001年1月，撤销管理区和办事处，将全镇33个村民委员会合并为21个村（居）民委员会。

即：回龙寺，双庙村并为中村村，下店子、军店街、军马铺三个居民委员会合并成立军店街社区居民委员会。

杜家沟并入上茅坪，成立上茅坪村；灯草沟并入三溪沟村为三溪沟村；方家畈并入官桥村为官桥村；石坡村、滴水村并入易沟村为易沟村；土城村并入小峪村为小峪村；荒峪村并入军马村为军马村；洞子村并入指北村为指北村，保留的十二个村，有月明村、双柏村、白果村、刘家畈村、向家湾村、何家村村、郭家庄村、下茅坪村、高山旗村、土坎村、松柏村；2005年税费改革时，将21个村民委员会合并为13个村（居）民委员会。

即：月明村、双柏村、双庙、回龙寺合并中村村为中村村；下店子、军店街、军马铺合并为军店街社区居民委员会；高山旗、灯草沟合并三溪沟村为三溪沟村；郭家庄村、下茅坪村合并为下茅坪村；刘家畈村合并何家村为何家村村；方家畈村、官桥村合并向家湾村为向家湾村；石家坡村、滴水岩村合并易沟村为易沟村；荒峪村、松柏村合并军马村为军马村；土坎村、土城村合并小峪村为小峪村；洞子村、白果村合并指北村为指北村；杜家沟村合并上茅坪村为上茅坪村，现全镇辖13个村民委员会、1个社区居民委员，3.91万人，160平方千米。