地名由来：南日镇位于南日岛上，岛位于莆田市区的东南方，隐匿于茫茫大海之中，古称“南匿”。后因方言同音而取笔划最简字，写作“南日”。

2014年9月，环境保护部授予南日镇2012年—2013年度国家级生态乡镇称号。

莆田市秀屿区南日镇位于兴化湾和平海湾交汇处，东邻台湾海峡，距台湾新竹港72．89海里，离乌丘屿10．64海里，地理位置独特，主岛面积44平方公里，小岛8平方公里，其中面积0．1平方公里以上岛屿18个，素有“十八列岛”之称，岛屿海域水深潮畅，自1994年起在海上养殖鲍鱼，并首创筏式养殖九孔鲍，品种从九孔鲍转为日本黑鲍、皱纹盘鲍、杂交盘鲍。南日鲍鱼，主要品种有日本黑鲍、皱纹盘鲍、杂交盘鲍，它以味道鲜美、营养价值高而著名，肉可鲜食，也可冷冻，制罐或力口工成千品。贝壳称“石决明”，是配制清肝明目的传统中药材。

该基地现有鲍鱼筏架50台，养鲍网箱1600个，共投入资金600万元，现存箱鲍鱼1千万粒，年创产值7000万元。常年供货。

历史沿革：

宋属莆田县崇福乡奉谷里，1927年设岛务局，归省直管辖。

1933年设区，1934年属福清县九区，1940年划归莆田县，1949年9月属莆田县第十三区，1952年8月属第二十四区，1957年12月改南日乡，1958年10月改南日人民公社，1993年12月改南日镇，2002年2月划归秀屿区。