地名由来：一说，南北朝东魏武定五年（547），设置白掸县，因“白掸”与百善谐音，清朝初期，并形成了较大的贸易场所，商贾云集，演为百善集；二说，明清时期，百善集更名为石洪村。后来有100多名行善的人在此建一所慈善堂，百善因此得名。
2020年4月，百善镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。
2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，百善镇位列第638名。
2018年11月，安徽省民政厅认定百善镇为第六批安徽省千年古镇。
2014年7月，百善镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。
名称来历南北朝时期东魏武定五年（公元547年），设置白掸县（治所在今百善），因“白掸”与百善谐音，故“百善”由“白掸”所演变。
地理位置百善位于东经116°32′-116°44′，北纬33°44′-33°52′。地处濉溪县中部，北距县城20千米。东连四铺镇，南邻临涣镇，西接铁佛镇，北靠濉溪镇。百善镇人民政府驻地百善村，程控电话区号0561，邮政编码235151。
政区沿革梁武帝普通六年（公元525年）置临涣郡，治铚城,本地属临涣郡。东魏武定五年(公元547年),析临涣郡置白掸县和涣北县。白掸县治所在今百善集南。大业六年（公元605年）白掸县并入临涣县。同年开掘隋唐大运河首期工程通济渠。后设柳孜镇（今百善镇）。据《宿州志》记载：柳孜为巨镇，有庙宇99座，井百眼。南宋光宗五年（公元1194年）黄河泛滥，洪水夺淮入海，通济渠淤塞，柳孜镇由此衰落。清宣统二年（公元1910年），置镇百善。
民国（公元1912年）后，百善设乡，属宿县管辖，为宿县三镇十二乡之一。
民国十九年(公元1930年），百善乡改宿县第三区。
民国二十七年（公元1938年），百善沦陷，日伪设伪第三区即百善区。
1939年6月，中国共产党建立抗日民主政权宿西县，设柳孜区，后又改为百善区，下辖九个乡。
1950年，百善设乡，下辖五个行政村，属长山区管辖。同年7月建立濉溪县。8月15日，设置百善区（排序第五区），下辖12个乡。
1955年12月，区划变动，百善区下辖6个乡1个镇(百善镇）。
1957年，百善区下辖8乡一镇（百善镇）。1958年8月撤百善区，成立百善、徐楼两个人民公社。百善公社下辖11个大队，徐楼公社下辖6个大队。1962年1月，恢复百善区建制。1969年4月撤百善区，恢复百善、徐楼两个人民公社。同时两公社均成立“革命委员会”。1972年3月，百善公社划分为百善、柳孜两个公社。1980年12月，百善区下辖8个公社。1983年4月，将百善区西北边界的6个生产大队，分别划归铁佛和刘桥两区，划出人口9669人。1984年，百善区由8个公社改为8个乡，乡下设行政村。1992年2月，撤区并乡，将原8个乡合并为百善、徐楼两个镇。2000年，百善镇晋级为副县级省重点中心建制镇。2006年2月8日，百善、徐楼两镇合并，并为百善镇，辖43个行政村。2007年3月，百善镇所辖行政村由43个合并为23个。
2013年，李庄行政村和徐楼行政村的翟桥自然村划归濉芜产业园所辖。百善镇辖22个行政村。
政区划分2014年辖百善、茶安、鲁店、青卫、张庄、叶刘湖、柳孜、黄新庄、道口、王司、前营、桥头、宋庙、马乡、丁楼、苇菠、郭屯、徐楼、闫集、龙桥、龙沱、龙北22个村民委员会，1个现代化工业园区和百善现代农业综合开发示范区管理委员会。
人口面积2014年，辖区总人口116340人，其中非农人口6589人，另有流动人口11356人。总人口中，男性人口60185人，占51.73%；女性56155人，占48.27%；18岁以下的25813人，占22.19%；18～35岁的33748人，占29.01%；35～60岁的43720人，占33.58%；60岁以上的17707人。总人口中以汉族为主，达116290人，占总人口的比例为99.96%。有回、蒙、苗、满、壮、白、侗、瑶、傣、彝、土家等少数民族11个，50人。2014年人口出生1741人，死亡427人，人口出生率15.2‰，人口自然增长率11.44‰，政策符合率为88.68%。辖区东西距离25.5千米，南北距离是19.2千米，总面积为253.27平方千米，其中陆地面积249.76平方千米，占98.61%，水域面积3.51平方千米，占1.39%。
历史沿革：
清宣统二年（1910），百善置镇。
1912年后，百善设乡，属宿县管辖。
1930年，百善乡改宿县第三区。
1939年6月，宿西县办事处下设柳孜区，后又改为百善区，下辖9个乡；1947年，恢复宿西县，设百善区。
1950年，百善设乡，属长山区管辖。
同年8月15日，设百善区（濉溪县第五区），下辖12个乡。
1955年12月，区划变动，百善区下辖6个乡1个镇(百善镇）。
1957年，百善区下辖8乡一镇（百善镇）。
1958年8月撤百善区，成立百善、徐楼两个人民公社。
1962年1月，恢复百善区建制。
1969年4月撤百善区，恢复百善、徐楼两个人民公社。
1972年3月，百善公社划分为百善、柳孜两个公社。
1980年12月，百善区下辖8个公社；1983年4月，将百善区西北边界的6个生产大队，分别划归铁佛和刘桥两区。
1984年，百善区由8个公社改为8个乡。
1992年2月，撤区并乡，将百善乡、宋庙乡、杨柳乡、青卫乡合并为百善镇。
2000年，百善镇为副县级建制镇。
2006年2月8日，百善、徐楼两镇合并为新的百善镇。
2013年，徐楼行政村的翟桥自然村划归濉芜产业园所辖，沿用至今。