地名由来：明末清初，废黄河溃决，滩地只留3棵柳树，名三棵树，现称三树。

2023年1月，江苏省爱国卫生运动委员会命名三树镇为2022年度江苏省卫生镇。

2021年1月，江苏省生态环境厅命名三树镇为第三批江苏省生态文明建设示范镇村。

淮阴县辖乡。1957年为三树乡，1958年改公社，1983年复置乡。位于县境西部，距县城15公里。面积35平方公里，人口2.2万。淮(阴)蒋(集)公路和跃进河纵横境内。辖三树、树南、丁大-庄、汪梨园、汪洼、树西、树北、四门闸、黄华、张桥、杓股、陆庵、仲庄13个村委会。农业主产水稻、小麦等。

历史沿革：

民国时期三棵树属淮阴县第四区，解放后县人民政府命名为三树区，1957年撤区并乡时，设三树乡。

1958年改为三树人民公社。

1983年9月，从三树公社划出西庵、毛湖、三堡三个村与蒋集、杨庄的8个村成立凌桥乡，三树公社恢复三树乡名，2000年蒋集乡并入，2002年，撤乡改镇。