地名由来：淮阴南，有豪富陈姓来此兴集，故名南陈集街。

2021年1月，江苏省生态环境厅命名南陈集镇为第三批江苏省生态文明建设示范镇村。

2020年12月，南陈集镇入选2020年度江苏省卫生镇（村）名单。

2014年9月，环境保护部授予南陈集镇2012年—2013年度国家级生态乡镇称号。

淮阴县辖乡。1958年为陈集公社，1980年更名南陈集公社，1983年置乡。位于县境西南部，东临张福河，距县城25公里。面积54平方公里，人口3.9万。公路通县城。辖陈集、福河、新生、高庄、学田、梨园、高成、林圩、天桥、渔塘、蚕桑、竹庄、鲁黄、梅畅、冯庄、寿塘、乔庄、双河、谭庄、联堡、三赵、翻身22个村委会。乡镇企业产品有丝绸等，农业以种养业为主。盛产淮山药。

历史沿革：

民国期间，南陈集乡属淮阴县二区。

建国初期，实行区乡制时称为陈集乡，1958年人民公社化时改称陈集公社，1980年地名普查时，更名为南陈集公社。

1983年恢复乡制，遂名南陈集乡。

2000年撤乡建镇时，南陈集乡更名为南陈集镇。