地名由来：“马头”曾作为当地一项重要水工建筑，起分流引水，调节水量作用。因形似马的头部称“马头”。后因与漕运有关传称为“码头”。2018年恢复“马头”之名有利于传承古地名文化，打造运河历史文化名镇和现代农业科技示范镇。

2018年12月，第二批江苏省生态文明建设示范镇村名单出炉，马头镇上榜。

2015年7月，马头镇入选第三批全国特色景观旅游名镇名村示范名单。

2014年6月，环境保护部授予马头镇2012—2013年度国家级生态乡镇称号。

淮阴县辖镇。1957年为码头乡，1958年改公社，1983年复置乡，1987年建镇。位于县境西南部，距县城12公里。面积33平方公里，人口2.5万。运河、张福河、废黄河自西向东平行穿过。辖码头、二闸、泰山、桃园、郑台、张庄镇、玉坝、太平、新河、大沟、仲马、惠民、陶闸、旧县14个村委会和码头1个居委会。农业以种植业为主。特产汤羊肉。古迹有韩侯故里、漂母墓、钓鱼台等。汉初淮阴侯韩信、西汉辞赋家枚乘、枚皋父子均出生于此。

漂母墓

兴汉三杰之一的韩信，出生在淮阴县码头镇。韩信年少落魄时，垂钓腹饥，漂母曾无代价地供给他饮食，一连数十天，韩信非常感激，发誓说将来一定要报答她，漂母不高兴地说:大丈夫不能自己养活自己，我是可怜

历史沿革：

民国期间，码头曾为县直属乡，后为淮阴县一区所辖，另有一部分属二区所管。

建国初，码头先后属王营区，城南区。

1957年撤区并乡时，改称码头乡。

1958年改称码头人民公社，1983年又称为码头乡，1987年撤乡建镇，改称码头镇。

2018年7月，淮阴区部分行政区划调整，以原码头镇、吴城镇、凌桥乡行政区域，设立马头镇。