地名由来：位于吴家堡和曾家堡两屯中间，人们习惯称“腰屯”。

腰屯乡位于孙吴县东15公里处，辖区总面积576.25平方公里，耕地面积125985亩。地理坐标东经127°30′，北纬49°26′，孙吴至逊克公路贯穿境内。境内主要河流黑龙江一级支流逊别拉河及二级支流卧牛河，境内多为低山和冲积平原，属半山区。气候属大陆性季风性气候，特点是冬季寒冷干燥、夏季温和多雨，平均降雨量460毫米，无霜期80-110天，河谷平原区常有晚霜和冻害不利于农业生产。土地总面积77163亩，林业用地面积3375亩，全部为人工林，宜林地面积1075亩，森林总蓄积2950立方米，年净生产率12.4%，年生长量370立方米。

历史沿革：

清光绪二十六年（1900），腰屯、吴家堡屯、曾家堡屯、东卧牛河屯属瑷珲厅管辖。

1937年12月，划归新设置的孙吴县管辖。

1947年5月，建立曾家堡、腰屯行政村。

1948年5月，设第二区。

1954年11月，撤区，分设腰屯、曾家堡村。

1956年3月，并村划乡，设腰屯乡。

1959年4月，成立腰屯公社。

1983年，改为腰屯乡。

名称沿用至今。