地名由来：红色的旗帜。

红旗乡始建于1976年，地处孙吴县西南部，小兴安岭北部，位于东经127度12分，北纬40度08分，距县城50公里。毗邻小兴安林场和五大连池市兴安乡，与五大连池原种场辰清分场、辰清镇、奋斗乡等接壤。北黑铁路与202国道贯穿全境，交通便利。辖区总面积188平方公里，总人口3019人。辖青山、钟山、华山、红旗、建设、前锋6个行政村，10个自然屯。全乡总播种面积82425亩（集体36125.6亩），林地面积11.2万亩，草原面积8万亩，水面面积0.75万亩。属大陆性季风性气候，冬季寒冷漫长，夏季气候温和，平均降雨量460毫米，无霜期90-100天，属第六积温带。全乡共有8个党支部，其中6个村党支部，2个机关事业支部；共有党员92名，其中农民党员68名、机关事业（学校、乡直单位）干部党员24名。乡党委、政府所在地位于红旗村，机构编制32人，现有工作人员28人，其中行政17人，事业11人。

历史沿革：

1976年9月，设兴安垦区。

1978年，改称红旗垦区。

1979年10月，改为红旗公社。

1983年，改设红旗乡。

名称沿用至今。