地名由来：因地处大巴山区而得名。

2018年12月，陕西省爱国卫生运动委员会命名巴山镇为2018年度陕西省省级卫生乡镇。

巴山镇地处镇巴县东南隅，东邻紫阳县麻柳镇，南接万源市皮窝乡，西毗盐场、渔渡镇，北依小洋镇，距县城62公里。全镇总面积144.69平方公里，其中耕地面积22370亩，林地面积320700亩。下辖6个行政村1个社区58个村民小组，常住人口2716户9477人。2019年工农业总产值1.43亿元，农民人均纯收入10188元。全镇共有贫困村4个,非贫困村3个，在册建档立卡户1010户3236人。

历史沿革：

清嘉庆七年（1802年），设定远厅南乡宣化里双白河地。

民国三年（1914年），设镇巴县南区双河村。

民国二十五年（1936年），设双河联保3、4、5保。

民国二十九年（1940年），分设渔渡乡2、3保。

1950年，设渔渡区淇水、松树、鹿池3乡。

1958年，为淇水、松树2个管理区。

1961年，合并为松树公社。

1982年，将松树源滩公社部分村合并成立巴山公社。

1984年5月，设巴山乡。

1996年5月，将松树乡并入巴山乡。

2002年12月，将小洋镇白家垭村划归巴山乡辖。

2011年7月，改设巴山镇。