地名由来：因镇政府驻巴庙街而得名。
巴庙镇是由原小河、庙溪、巴庙、吊钟岩乡撤并而成,地处镇巴东部,距县城65公里,东与紫阳县红椿镇交界,西连观音镇,南靠紫阳高滩镇,北依碾子镇,镇域面积168平方公里。
境内沟深谷狭,自然条件较差。全镇辖13个村82个村民小组4766户17325人。有耕地面积32579亩,其中水田3320亩。山林8719.8公顷,退耕还林21117亩。近年来,我们始终围绕“调整结构稳增长、抢抓项目强支撑、做精集镇促繁荣”的镇域经济发展思路,强化基础设施惠民工程建设,实施重点项目18个,完成投资7800余万元。
一是新建移民点5个,累计搬迁397户1410人。
二是新建沼气池500口,安装太阳灶200台和太阳能热水器600台,安装秸秆气化炉300台,改装燃煤灶2800口,有效保护了生态资源。
三是新建饮水工程9处,解决了9000余人饮水问题。
四是新建水泥平板桥和钢板吊桥5座,修复水毁河堤2处800米,解决了6个村近万人过河难问题。
五是硬化通村水泥路5条32.5公里,有效提升了全镇公路等级,确保了全镇公路晴雨畅通。
六是实施土地复垦项目3个,复垦土地3118亩。
七是新建移动机站4个,安装“村村通”卫星接收设备425套,“户户通”2025套,通讯网络实现了全覆盖。
八是新建镇卫生院住院楼1200平米,解决了全镇群众住院难问题。
九是争取上级投资97万元新建了巴庙初中餐厅楼,投资500多万元实施镇中心幼儿园建设项目,教学楼已经投入使用,餐厅楼及附属设施今年可全面建成投用,从根本上改善办学条件,促进“双高双普”工作的顺利实施。十是新建了小河口电站,实施集镇亮化工程2处,安装路灯90余盏,为集镇居民生产生活提供了方便。
历史沿革：
清嘉庆七年（1802年），设定远厅东乡从政里偏溪河地。
民国二十五年（1936年），设偏溪河联保2、3保。
民国二十九年（1940年），设观音乡8保。
1950年，设观音区巴庙乡。
1958年12月，设巴庙管理区。
1961年，成立巴庙公社。
1966年12月，更名为光华公社。
1979年3月，仍复称巴庙公社。
1984年5月，改设巴庙乡。
1996年5月，将小河、庙溪、巴庙、吊钟岩乡合并设为巴庙镇。