地名由来：以境内北山上蒙古族牧民堆积的十三个敖包而得名。

2018年7月，农业农村部认定十三敖包镇为第八批全国一村一品示范村镇（笤帚）。

十三敖包乡位于旗所在地林东镇北11公里，全乡辖11个行政村，现有人口23400口，全乡总面积37.5万亩，其中耕地面积99388亩，2002年全乡实现农牧业总产值4000万元，农民人均收入1878元，财政收入150万元。

历史沿革：

中华民国时期，放垦区先后隶属林东设治局、林东县四区、五区。

伪满洲国时期，先后隶属海力根台努图克和兴隆村、海力根台村、王干池村。

解放初期隶属林东行政委员会，后隶属巴林左翼旗。

1956年，建巴林左旗乡。

1958年，改建为人民公社，1984年2月改设乡。

1998年，丰水山乡设为丰水山镇。

2006年9月，与花加拉嘎乡合并，设为十三敖包镇，沿用至今。