地名由来：因镇政府驻地设在巩店集而得名。

利辛县巩店镇地处利辛、太和、阜阳三县市交界处，国土面积110．8平方公里，耕地面积9．?万亩，总人口7万人，辖32个村(居)委会。该镇地理条件优越，交通便捷。大京九铁路过境6．日公里，501省道过境4公里，界阜蚌高速公路过境10．2公里且设有出入口处。1998年镇党委、政府领导班子调整以来，积极贯彻市、县党委、政府的方针政策，认真开展“两优一快”活动，各项工作都取得了新的突破。先后被评为“市基层党委先进单位”、“安徽省综合改革试点镇”、“大京九经济贸易网络乡镇”、“市集镇建设先进单位”、“乡镇企业先进镇”、“全国食用菌生产先进镇”、全县综合评比“五强乡镇”等荣誉。

历史沿革：

民国为阜阳县王老人集区。

1928年成立巩店公社。

1964年由阜阳划入利辛县。

1983年体制改革改称巩店乡，隶属王人区。

1992年4月撤区并乡，巩店、刘寨、王店三乡合并为巩店镇，地名沿用至今。