地名由来：“巴丹吉林”系蒙古语，“巴丹”是由巴岱（人名）演变而来，“吉林”（吉仁音译）是数词，即“六十”。几百年前，有一名叫巴岱的牧民居住在巴丹吉林沙漠的大沙山旁，发现60个大小不一的海子，后人为纪念他故称巴丹吉林沙漠。巴丹吉林镇因辖区内著名的巴丹吉林沙漠而得名。

2022年6月，巴丹吉林镇被授牌命名为平安内蒙古建设示范苏木乡镇（街道）。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，巴丹吉林镇位列第361名。

2020年9月，巴丹吉林镇上榜2019中国西部百强镇，位列第83位。

2016年1月，巴丹吉林镇入选第三批美丽宜居小镇示范名单。

2015年7月，巴丹吉林镇入选第三批全国特色景观旅游名镇名村示范名单。

2014年7月，巴丹吉林镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

巴丹吉林镇，即内蒙古自治区阿拉善右旗政府所在地，阿拉善右旗政治、经济、文化和社会活动中心。原名额肯呼都格镇，几年来，随着改革开放和社会经济的日益发展，巴丹吉林镇已成为集工业、农业、交通、服务业为一体的新型城镇。

2011年5月24日，根据内政字[2011]143号《内蒙古自治区人民政府关于阿拉善右旗额肯呼都格镇更名为巴丹吉林镇的批复》，阿盟阿右旗旗府所在地额肯呼都格镇被批复更名为巴丹吉林镇。

废止的旧地名“额肯呼都格”系蒙古语，意为“上井子”或“第一个井”。1961年5月25日，阿右旗正式成立，党政机关驻呼和达布苏（今雅布赖盐化公司旧址）；1965年9月，阿右旗将旗府所在地迁至额肯呼都格；1979年11月，额肯呼都格镇成立，旗府所在地地名由此沿用至今。“巴丹吉林”系蒙古语，“巴丹”是由巴岱（人名）演变而来，“吉林”（吉仁音译）是数词，即六十。几百年前，有一名叫巴岱的牧民居住在巴丹吉林沙漠的大沙山旁，历尽艰辛在这片沙漠中发现六十个大小不一的海子，后人为纪念他故称巴丹吉林沙漠。

巴丹吉林沙漠总面积4.92万平方公里，其中71%的面积在阿右旗境内。巴丹吉林沙漠是阿右旗最重要的旅游资源，而由于旗府所在地地名与景点名称不一致，致使独特的自然资源不能充分发挥品牌宣传作用，中心城镇游客量一直处在较低水平，在一定程度上影响了旅游业和相关产业的发展。

额肯呼都格镇被批复更名为巴丹吉林镇，将进一步体现地名的地方旅游文化特色，充分发挥巴丹吉林旅游品牌效应，打造巴丹吉林沙漠旅游名镇，促进地方旅游业品牌化发展，从而实现社会效益、经济效益、文化效益的共赢。