地名由来：明末，余姓在通往今正阳县、息县的路边开食宿店，得名余家店，后简称余店。乡以此名。1981年，为区别于东北方向新蔡县的余店乡，更名为南余店乡。

2022年3月，南余店乡被命名为2021年度河南省卫生乡镇。

汝南县南余店乡位于汝南县城东南部，文殊河穿境而过。全乡共辖10个行政村，68个自然村，126个村民组，总人口2.1万人，耕地4.6万亩。南余店乡地处中原，土质肥沃，地势平坦，适宜于多种动植物生长，素有“粮油鱼米之乡”的美誉，被汝南县定为优质小麦生产基地、优质花生生产基地、烟叶生产基地、农业科技示范乡镇。主要农副产品有：小麦、玉米、高梁、大豆、芝麻、油菜籽、烟叶、瓜果、蔬菜、畜产等。

近几年来，乡党委、政府坚持以市场为导向，始终把农业放在农业经济发展的前位，进一步稳定和完善统分结合的双合经营体制，积极稳妥地做好土地承包工作，全面落实税费改革政策，切实减轻农民负担。以结构调整为切入点，大力发展特色，促进了大宗农产品优质化、特色农产品多样化，扶持出了畜牧、林果、粮油等支柱产业。目前，全乡优质小麦面积3.5万亩。花生、芝麻等经济作物种植面积连年扩大，效益连年可观，养殖业规模逐年扩大。以草食畜禽为主的畜牧业迅速发展。猪、牛、羊、鹅分别年出栏1.5万、0.8万、3.1万、0.4万头（只）。建立了波尔山羊繁育改良基地。南余店乡曾获得“驻马店地区平原绿化先进乡”称号，全乡林网覆盖达到90%。

乡镇企业发展迅猛，丰厚的优惠政策吸引了了大量客商投资办厂。乡镇企业发展势头良好、乡政府大力加强对乡镇企业的管理和领导，出台了一系列优惠政策，大力扶持乡镇企业，多方协调资金用于企业的发展，此外，乡政府还在土地，劳动力等方面提供全方位服务，为外商投资创造良好的环境，塑造了我乡良好的对外形象。南余店乡民风朴实，环境幽致；境内现存有天堂寺、万历桥等遗址。

绿荫拂面，鸟语花香，交通便利。南余店乡党委、政府带乡人民强力推进全方位对外开放，并本着“优势互补、互惠互利、共同发展、实现双赢”的原则，热诚欢迎海内外新朋旧友到南余店参观考察，投资兴业，携手共创南余店乡新的辉煌。

历史沿革：

清代属汝阳县黄岗镇。

1913年属汝南县。

1935年属八区王岗店。

1938年分属三区高固店、王岗东店、王岗西店联保和四区余家店联保。

1949年属九区余店乡、秫杆铺乡、天堂乡、徐庙乡、大刘庄乡。

1951年分属九区天堂寺、余店乡和二区郭店、韩坡、大陈庄、路庄、张岗乡。

1956年属余店中心乡余店、韩坡、路庄乡。

1957年设余店乡。

1958年分属东方、先锋公社。

1959年分属王岗、马乡公社。

1961年分属王岗区余店公社和马乡区天堂公社。

1962年复属王岗、马乡公社。

1975年成立余店公社。

1981年更名为南余店公社。

1983年改设南余店乡。