地名由来：因位居北端，地势最高，多水仙花，得名花脑，后谐音演变为花鸟。另一说因岛形似飞鸟展翅，山上花草丛生得名，疑为望文生义之嫌。

2020年7月，全国爱卫会命名花鸟乡为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

2012年12月，环境保护部授予花鸟乡2010—2011年度国家级生态乡镇称号。

花鸟乡地处国际航道，位于舟山群岛的最北端，马鞍列岛北部，四面环海，东邻公海，南与壁下相望，西南与绿华一港之隔，同嵊山渔港遥遥相对，距嵊泗县城菜园镇２６．５公里。花鸟以岛建乡，有花鸟山及其周围１１个岛屿组成，除花鸟山外，其余均为人岛屿，陆地面积３．２８平方公里，环岛海岸线长１７．１６公里，下辖花鸟村、灯塔村２个行政村。全乡总户数８２６户，总人口２４３１人，岛上建有远东第一大灯塔――花鸟灯塔，该灯塔属全国重点文物保护单位。花鸟岛海拔２３６．８米是嵊泗县第一高峰。

花鸟岛海域辽阔，渔业水产资源丰富，有鳗鱼、真鲷鱼、带鱼、虎头鱼、石斑鱼、虾、蟹等。岸潮线盛产淡菜、紫菜、螺贝、澡类。全乡经济以渔业为主，目前，拥有各种类型渔船１１５艘，分别从事帆布网、涨、溜、拖、钓、养及笼捕等多种作业，是嵊泗渔业作业分布最广的乡镇。

建国５０年来，特别是改革开放２０年来，花鸟乡的经济和社会各项事业的发展取得了明显的成效，人民居住环境和生活质量明显改善，精神文明建设和民主法制建设成效明显。二００三年七月，花鸟乡再次（连续第四次）荣获""市双拥模范乡""称号，二０００年五月，被市政府命名为村民自治模范乡。

历史沿革：

宋元称石弄山，宋乾道《四明图经》卷七：“石弄山，在县东北九百五十里，山石玲珑，东西相悬，人可出入。”宋宝庆《四明志》卷二十：“石弄山，在东北；山石玲珑，故以名。”明万历《两浙海防类考续编》卷一载为“花脑山”，清代改称花鸟。

现当地民众仍多俗称花脑。

清康熙二十七年（1688）属定海县蓬莱乡。

二十九年（1690）划归江苏省崇明县。

1934年与东、西绿华岛合置花洛乡。

1950年11月析置花鸟乡。

以主岛花鸟山岛得名。

1956年3月与洛华乡复置花洛乡。

是年9月复析为花鸟乡。

1958年为嵊泗人民公社花鸟生产大队。

1962年建花鸟人民公社。

1984年复为乡。