地名由来：以衢山岛为主岛得名。衢昔作朐，明《字汇》：“其俱切，音衢。车轭也。”因岛形似朐得名。宋乾道《四明图经·昌国》、宋宝庆《昌国县志·叙山》、元大德《昌国州图志·叙山》和明天启《舟山志·山川》均分载为西朐山和东朐山。宋乾道《四明图经·昌国》载：“西朐山，在县北四百里。耆旧相传为仙人所居。”、“东朐山，在东县北七百里。耆旧相传为仙人所居。”。

2022年1月，衢山镇被认定为2021年度浙江省美丽乡村示范乡镇。

2021年10月，衢山镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第507位。

2017年1月，衢山镇被浙江省人民政府列入浙江省第三批小城市培育试点名单。

地理位置衢山镇地处浙江省舟山群岛中北部，位于舟山市岱山县东北部，处长江、钱塘江入海口外缘，背靠沪、杭、甬经济区，介于北纬30º7´?30º38´，东经121º31´?123º17´之间。东北距嵊泗县城22海里；南距岱山县城高亭镇14海里；西距乍浦港78海里,距杭州108海里；西北距上海芦潮港34海里，距上海国际航运中心洋山港11.8海里；西南距宁波镇海44海里。国际航线穿越其境，上海国际航运中心洋山港进出港口航道经过衢黄港，大轮锚泊地又在乍移门港。是北去上海、大连，南下广州、香港、台湾，西入长江、钱塘江，东接日本、韩国、澳大利亚，乃至远到世界各港口的主航道交汇点，因而衢山岛自古以来，一直被誉为我国海上“通衢大道”。衢山岛辖大小岛屿79个，其中住人岛屿5个（衢山本岛、小衢岛、黄泽岛、鼠浪岛、下三星岛，统称衢山岛）。岛域总面积73.6平方公里，其中衢山本岛面积为61.79平方公里，是我国第八大岛。本岛呈西北?东南走向，东西长约18公里，南北平均宽度4公里。历史沿革唐属翁山县蓬莱乡；宋、元时属昌国县蓬莱乡，称朐山村；清朝时称衢山，有通衢大道之意。民国34年建岛斗乡，属定海县；解放后设衢山区；1958年改为岛斗公社；1961年撤社设区；1962年升置为大衢县；1964年撤县恢复区建制；1992年5月撤区扩镇并乡；1999年11月，设立衢山经济发展试验区管理委员会，下辖岛斗镇、四平乡、万良乡,2001年7月,撤二乡一镇,全岛设立衢山镇，镇政府驻地岛斗。行政编制全镇辖3个办事处，分别为四平办事处、万良办事处、鼠浪办事处。有44个行政村，其中渔业村22个，农业村22个。具体分布为：岛斗地区有28个行政村，四平地区有10个行政村，万良地区有5个行政村，鼠浪地区有1个行政村。2003年总人口5.81万人。地质地貌衢山岛位于华南褶皱区，属浙闽沿海中生代构造大山岩带，由天台山系自西向东北延伸入海出露部分之一，为丘陵海岛。南部主要为侏罗系磨石山组酸性熔结凝灰岩，西北部是燕山运动晚期侵入的二长花岗岩，中部及东北部为前震旦系浅变质岩。

历史沿革：

“衢山”之名始于清末，与朐山并用。

1923年《定海县志》“定海县总图”“列岛分图五”载为“衢山”，1923年《定海县志》册一载为“朐山”：“在岱山东北二十五里许，长三十里，宽十里，居民三千余户......亦称衢山。”清光绪《定海厅志》卷十四：“国朝蓬莱乡……光绪六年（1880）新增衢山。”1923年《定海县志》册一：“（蓬莱乡）初并五都为三都，分十六隩，后改五庄……光绪间增朐山，共六庄。”清宣统二年（1910）设朐山乡（含今属嵊泗县的大洋山）。

1919年设衢山乡，1945年设衢山区，辖衢一、衢二、长涂、黄龙、大羊5乡，均属定海县。

1949年属滃洲县，分设岛斗、乍门2乡。

1953年改属岱山县。

1958年改设衢山人民公社。

1961年分岛斗、太平、桂花、四平、万良、鼠浪5个人民公社，属岱山县衢山区。

1962年以衢山区与嵊泗县的大小洋山、滩浒、徐公等岛合建大衢县。

1964年撤县复设衢山区，属定海县。

1983年岛斗人民公社改为镇。

1984年太平、桂花等4人民公社改为乡。

1992年撤区，太平、桂花2乡并入岛斗镇，鼠浪乡并入万良乡。

2001年岛斗镇和四平乡、万良乡合置衢山镇，形成现今之政区范围。