地名由来：马树为彝语“马书”汉译地名，意为一片湖泊沼泽之地。

2022年12月，云南省农业农村厅评定马树镇为2022年云南省绿美乡镇。

2021年3月，马树镇入选2020年云南省卫生乡镇名单。

2014年7月，马树镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

巧家县辖乡。位于县境东南部。1963年为马树区，1970年建公社，1984年改区，1988年改乡。面积291.2平方公里，人口2.7万。大巧公路南北过境。辖马树、木桥、小河塘、八皮、小米地、孔家营、老箐、草皮地8个行政村。以农牧业为主，饲养业以牛、羊、生猪为多。农产玉米、马铃薯、荞、麦、油菜、烤烟，特产核桃、木漆。工业以粮油加工为主，手工艺品有花红毡。有铜、铁、煤矿藏。境内有马树国营林场。

马树湿地

清末之前的马树曾是一个彝汉混居且被彝族同胞长期统治的地方。彝语叫“马书”、汉语的意思是“一片沼泽地”。后来随着时间推移和历史的变迁，由彝语的“马书”演变成了今天汉语的马树，意为马多树多的地方

历史沿革：

清初，为马书伙目地，后为归治里头甲地。

民国二十八年（1939年），为四区辖地。

民国二十九年（1940年），废区，扩大乡镇，区改镇。

1950年，属包谷垴区。

1953年，由包谷垴区划出成立杨梅山区。

1962年，夏改杨梅山区。

1963年，杨梅山、河桥、水磨、黄草坪、白沙地、白龙磨、地得卡、树补8小公社划归东川市（今会泽县），改称马树区。

1969年，改马树公社。

1984年，复称马树区。

1988年，改为马树乡。

划出炉房、噜布、荒田、鸡噜、鲁德等5村加上新建的底里村另置炉房乡。

2002年9月，成立马树镇。