地名由来：原名小纪庄，始于清朝。据说，北宋时期一户姓纪的人家在河上摆渡船以济来往行人，后来人们称这渡口为纪家摆渡。老纪死后又由儿子接替摆渡，人们又改称为小纪家摆渡，日子久了，人们为了说起来方便，常说:到小纪去或从小纪来。小纪之名就这样流传开。1984年得名小纪镇。

2022年1月，全国爱国卫生运动委员会重新确认小纪镇为2021年度国家卫生乡镇（县城）。

2021年10月，小纪镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第378位。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，小纪镇榜上有名。

2021年1月，江苏省生态环境厅命名小纪镇为第三批江苏省生态文明建设示范镇村。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，小纪镇榜上有名。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，小纪镇位列第595名。

2018年12月，第二批江苏省生态文明建设示范镇村名单出炉，小纪镇上榜。

2015年12月，江苏省商务厅确定小纪镇为首批江苏省农村电子商务示范镇。

2015年2月，中央文明委决定授予小纪镇第四届全国文明村镇称号。