地名由来：相传，“洪武赶散”时，苏州阊门陈氏迁至盐城殷家桥，后又迁至范公堤立有庵堂于墩台旁，以枕墩临沟故名墩庵沟。明末清初，以住沟河弯曲处，取名为沟湾墩，后得名沟墩。

2018年12月，江苏省爱卫会命名沟墩镇为2018年度江苏省卫生镇（村）。

阜宁县辖镇。1940年为沟墩区，1958年设沟墩五星公社，1983年改乡，1984年建镇。位于县境东南部，距县府14.7公里。面积110.7平方公里，人口7.1万。204国道过境。串场河、通榆河、马泥沟纵贯镇境。辖红旗、丰唐、大岗、鲁唐、李庄、必林、曹唐、渔河、陈坎、闸北、大港、南湾、郑兴、永胜、竖河、新建、闸东、兴隆、条海、三合、南坎、陈桥、白厘、窎沟、条岗、柳林、集合、跃进、阜岗、凌沟、二尧、丁王、新河、陈林、后岗35个村委会和朝阳、墩北2个居委会。以农业和养殖业为主。

历史沿革：

1956年析置阜宁县沟墩区。

1958年改公社。

1983年改置沟墩乡。

1984年撤销沟墩乡设立沟墩镇。