地名由来：磨憨为傣语地名，磨即盐井，憨即富裕。磨憨意为富裕盐井。

2021年3月，磨憨镇入选2020年云南省卫生乡镇名单。

2016年12月，国家民委命名磨憨镇为第四批全国民族团结进步创建活动示范单位。

2014年9月，环境保护部授予磨憨镇2012年—2013年度国家级生态乡镇称号。

磨憨镇位于县城东南部，地处北纬21度10分至21度26分，东经101度27分至101度41分之间，东、南面与老挝交界，西面与勐满镇相连，北于勐腊乡毗邻，总面积803平方公里。乡政府驻-村，距县城50公里。辖6个村公所，49个自然村。当地世居少数民族主要有傣族、瑶族、哈尼族、苗族、拉祜族及克木人等。

磨憨镇地势多中低山峡谷，北高南低，沟谷纵横。有森林面积859399亩，占总面积的百分之73.43，平均气温20摄氏度，年均降雨量在1000——1067.5毫米之间，乡里平均海拔900米，最高点为董宗堡梁子，海拔1674米，最低点在曼庄寨河边，海拔650米。主要河流有南哈河、南窝河和南西河。

以农业为主，主产稻谷、包谷和黄豆，主要经济作物有橡胶、茶叶和南药等。

历史沿革：

明隆庆四年（1570年），划12版纳，尚勇属勐腊勐棒版纳。

清光绪三十二年（1896年），属勐腊土把总。

民国元年（1912年），属第五区。

民国十六年（1927年）8月，属镇越县。

民国二十二年（1933年），属第二区。

1953年1月23日，成立西双版纳自治区后，取消县治，属版纳勐腊，尚勇是第七。

1969年5月，原尚勇区改为前哨公社。

1984年，复建区。

1988年2月，尚勇区勇乡。

1997年2月，尚勇乡与磨憨口岸合并为磨憨镇。

2001年5月，根据省政府现场办公会精神，磨憨边境贸易区挂牌设立。

2006年9月，磨憨边境贸易区更名为“云南西双版纳磨憨经济开发区”。

2011年6月29日，举行尚勇镇划归磨憨经济开发区签字仪式，尚勇镇正式划归磨憨经济开发区。

2016年8月31日，磨憨镇正式恢复建制，划归勐腊县管理。

2022年5月，磨憨镇由昆明市托管。