地名由来：传古时在镇辖区南部有位祖师爷，后民众为其建一座祖师庙，村以庙名。

固始县辖乡。1949年建祖师庙中心乡，1958年改祖师管理营，1961年建祖师公社，1983年置祖师庙乡。位于县境东南部，距县府45公里。面积87.2平方公里，人口3.2万。通公路。辖小店、松林、大冲、杨楼、彭畈、黄楼、七冲、万岗、童围、刘楼、王行、毛店、羁马、三区、仓房15个村委会。农业主产水稻，兼产木材、茶叶。

历史沿革：

唐、宋间属清云乡腹地。

明、清中北部属赵市里，西南部属长江河里。

民国初属长兴区。

1940年属长黄乡。

1947年至1948年先后属卢大街区、张老埠区。

1949年属张老埠区，同年底改属陈淋区。

1951年西部几乡划属武庙集区。

1956年建祖师庙中心乡、王楼中心乡。

1958年设祖师、万岗管理片，属红苏（大）公社（驻武庙集）。

1959年改属陈淋（大）公社。

1961年改建祖师、万岗等（小）公社，属陈淋区。

1962年重建祖师公社。

1983年改设祖师庙乡。

2013年改置祖师庙镇。