地名由来：据传此地原有系蒙古族游牧区，有蒙古族部落首领黄台吉在此修有衙门一处，古称衙门庄。

2020年2月，衙门庄村被认定为2020年青海省乡村旅游重点村。

2016年12月，衙门庄村被列入第四批中国传统村落名录。

衙门庄村大约形成于明代隆庆年间。

衙门庄村与南滩村、衙门庄社区、麻其村、克麻尔村、杏花庄村、仙米村、田家沟村、尔麻村、康乐村、老虎沟村、刘家庄村、多隆村、元墩子村相邻。

衙门庄村附近有老爷山、察汗河景区、东峡翠谷、广惠寺、黑泉水库、大通娘娘山景区等旅游景点，有大通藏香猪、大通蚕豆、新庄黄瓜、大通鸡腿葱、大通牦牛肉、大通马铃薯等特产，有大通桥儿沟砂罐、老爷山花儿会、塔尔寺酥油花、湟中农民画、银铜器制作及鎏金技艺等民俗文化。