地名由来：吉卫镇因镇人民政府设于吉卫村而得名。

2021年3月，湖南省人民政府办公厅公布吉卫镇为2020年度湖南省安全发展工作示范单位。

2021年1月，湘西自治州爱国卫生运动委员会命名吉卫镇为2020年度湘西自治州卫生乡（镇）。

花垣县辖镇。民国时期属清隆乡。解放初属五区，1958年属红旗公社，1959年改吉卫公社，1984年撤社建镇。位于县境南部，距县城39公里。面积85.2平方公里，人口1.5万，系苗族聚居乡。镇政府驻吉卫，花(垣)雅(西)、吉(首)松(桃)公路贯穿镇内。辖吉卫、排座、排大坝、德高、腊乙、新寨、老卫城、鸡司、大老排、夯来、如腊、葛藤、过水、螺丝董、葫芦、白果、水洋、凉昌、古牛、白岩坪20个村委会及梅花井、卫城2个居委会。乡镇企业以商贸、运输、建筑和饮食服务业为主。农产以水稻、玉米、甘薯、豆类、花生为主，1956年国家批准的《苗文方案》以吉卫苗语为标准音，1987年在吉卫举办盛大的苗族传统节日“四月八”。

历史沿革：

明代时期，吉卫镇境域为崇山卫卫址。

清代时期，为永绥协协址。

民国时期，属永绥县卫城乡。

1950年，属三区。

1958年，成立红旗公社。

1961年，为吉卫公社。

1984年，撤社建镇。