地名由来：蔡旗镇因境内有明代所置蔡旗堡而得名。

2019年1月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名蔡旗镇为2018年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

民勤县辖乡。1956年设蔡旗乡，1958年改公社，1983年复置乡。位于县境西南部，距县城53公里。面积66平方公里，人口0.9万。有公路与民(勤)武(威)公路相接。辖蔡旗、金家庄、麻家湾、野潴湾、小西沟、高庙、沙滩、月牙、官沟9个村委会。乡镇企业有运输、商贸等行业。农业主产小麦、玉米、马铃薯。境内有沙滩汉墓群。

历史沿革：

两汉、北朝北魏、西魏时期，蔡旗镇境域属宣威县。

北朝北周至隋时，属姑臧县。

唐时，属明威府。

元时，属永昌路。

明时，属镇番卫。

清时，属镇番县。

民国二十五年（1936年），属第三区，为蔡旗堡联保。

民国三十六年（1947年），划属环河乡。

1949年10月，与重兴乡合并为环河区。

1956年1月，分为蔡旗乡。

1958年10月，成立蔡旗公社。

1983年4月，改设蔡旗乡。

2016年，撤乡设镇。