地名由来：同治十三年(1874)，在马厂和新城之间修筑了"马新大道"，沿途设立驿站，40里一大站，10里一小站，共设大站4所，小站11所。光绪元年(1875)，盛字军由马厂移屯涝水套，这里是大沽以西的第五个驿站，军士习惯称小站，此即今日小站地名由来。

2020年5月，小站镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。

2015年7月，小站镇入选第三批全国特色景观旅游名镇名村示范名单。

位于大沽海防与天津城厢中间，系京津屏障，进能挡关，退可纵横，乃历代兵家屯兵及防御之地。1870年天津教案爆发后，直隶总督李鸿章调手下周盛传部“盛字军”屯防于直隶青县的马厂练兵，同时负责修建新城炮台。为了方便交通，“盛字军”在马厂至新城间修筑一条马新大道，沿途分驿站，每20公里设一大站，每5公里设一小站，于是这个小镇有了它别致的名字——“小站”。

当地农民继续引进南方优质稻种，并与朝鲜“银坊”等稻种杂交，培育出米粒洁白圆润、香甜可口的“小站稻”，真是“一家煮饭，四邻飘香”。原本人烟稀少、满目荒滩的小站地区，成为了阡陌纵横、流水潺潺的北国鱼米之乡。“小站稻”也成为了我国当时唯一以生产区域命名的水稻。