地名由来：明末有祖姓迁此建楼成村，并拥有周围18个田庄，得名祖老楼，简称今名。

2022年2月，安徽省爱国卫生运动委员会命名祖楼镇为2021年度安徽省卫生乡镇（街道）。

2022年1月，祖楼镇被命名为2021年度安徽省森林城镇。

萧县辖镇。1949年为祖楼乡，1958年成立公社，1980年改区，1992年祖楼、刘歇集、孙楼三个乡合并建祖楼镇。位于县境西南部，距县城24公里。面积53平方公里，人口4.1万。洪碱河流经境内，311国道过境。辖蒋庄、朱楼、祖楼、苏集、柘园、荀楼、相山庙、鲁庄、张湾、种庄、时庄、新庄、墓上、周土楼、刘歇集、天齐庙、申河、穆寨、孟苏庄、迭路北、王石桥、甘楼、夏庄、孙楼、毛河涯、穆楼、板桥27年村委会。农业为主，产小麦、玉米、山芋、花生、棉花、大豆等。

历史沿革：

1949年设祖楼区祖楼乡。

1958年建立祖楼公社。

1985年再置祖楼区。

1992年，撤区并乡，祖楼、刘歇集、孙楼3个乡合并设立祖楼镇。