地名由来：因当地古代常为洪水淹没，人们为祈求水府菩萨镇住妖龙，在水口山修建水府庙而得名。

新宁县辖镇。1949年属竹福乡，1958年建水庙公社，1983年改乡,1984年置镇。位于县境西部，面积164.5平方公里，人口2.4万。镇政府驻水庙，距县城18公里。新宁至黄金乡公路贯穿全境。辖水庙居委会和双阳、关田、新桥、新中、湾子头、蒋木、箭杆山、伞家冲、江坪、上兴、中山塘、下山塘、水庙、石螺、石门、火星、双桥、大坪、高坪、白羊20个村委会。农业主产水稻，盛产木材、楠竹。主要经济作物有桔子、脐橙、茶叶、生姜。

历史沿革：

明初，属扶阳乡。

明万历三十二年（1604年），属南乡。

民国十九年（1930年），属第三区。

民国三十六年（1947年），属竹福乡。

1949年10月，属第一区。

1950年6月，属第二区。

1953年6月，属第三区。

1955年5月，属水庙区。

1956年5月，设水庙乡；同年12月，属水庙办事处。

1958年9月，建高级农业社，属群英人民公社，同年12月，群英公社更名为水庙公社。

1961年5月，属水庙区。

1981年2月，水庙公社析置万峰公社。

1984年5月，公社改乡，大队改村。

1985年，撤乡设镇。

1995年5月，万丰乡并入水庙镇。