地名由来：以驻地航埠村得名。村以明时有大量橘子运向外埠，遂建水陆码头，故名航埠。

2021年12月，衢州市公布航埠镇为2021年度衢州市健康乡镇。

2021年10月，航埠镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第921位。

2020年7月，全国爱卫会命名航埠镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。

2017年1月，航埠镇被浙江省人民政府列入浙江省第三批小城市培育试点名单。

2014年7月，航埠镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。

航埠镇地处浙江西部，距衢州市区10公里，320国道线和常山港横贯全境，是浙、赣、皖三省通衢的咽喉，1997年被定为浙江省小城镇综合改革试点镇、浙江省中心镇之一，是全国创建文明村镇工作先进单位和首届中国乡镇投资环境300佳，拥有浙江省包装材料专业工业园区。全镇总面积66.42平方公里，5.2万人口，集镇建成区2.2平方公里，集镇人口1.1万，工业园区规划总面积为1.25平方公里，2002年实现国内生产总值1.82亿元。这里有开放、优惠、双赢的招商政策，有亲商、富商、安商的投资环境。

北二蓝氏宗祠

时代；清地址：浙江省衢州市柯城区航埠镇北二村，该祠是浙江省境内保存最为完整的畲族宗祠。宗祠建于明崇祯年间（1628年），面积650平方米，建筑工艺精湛,布局合理。清嘉庆14年重修后厅，咸丰7

历史沿革：

明，属临江乡，隶西安县。

1915设第第十一区（航埠区）。

1920年，改称航埠乡。

1936年设航埠镇。

1942年改设航埠乡（甲级乡）。

1958年称航埠管理区。

1961年为航埠公社。

1984年复设航埠乡。

1985年称航埠镇，名称沿用至今。