地名由来：辖区内有三条河流汇集（沙坪河、左里河、右里河），为瑶族聚居区，故名。

2022年10月，广东省农业农村厅认定三水瑶族乡为2022年广东省“一村一品、一镇一业”专业镇（茶叶）。

2022年1月，广东省乡村振兴局确定三水瑶族乡为2021年广东省乡村治理示范乡镇创建单位。

三水瑶族乡位于连州市的西北部，东与本市瑶安瑶族乡相连，南接本市丰阳镇，西与湖南省的蓝山县交界，北与湖南省的蓝山县、临武县接壤。三水瑶族乡是于1986年11月15日经广东省人民政府批准成立的少数民族乡，是全省七个散居民族乡之一，乡政府驻地在三江口。全乡辖4个村委会，32个村民小组。至2005年7月止，全乡总人口为3823人（其中瑶族1412人）。全乡总面积139.1平方公里。

历史沿革：

明代中叶，就有瑶胞居住，以盘、赵二姓为主。

盘姓祖先法仁，法佐两兄弟，曾在在广西当官，因种族歧视而辞官，流落异地，后经连州往北迁徙到三水云雾洞定居。

民国时期，属三区新建乡。

1953年，设三水瑶族自治乡。

1959年，归丰阳人民公社，称三水大队、新八大队。

1983年，设三水、新八瑶族乡，属丰阳区。

1986年，撒区设乡，再把三水、新八合并为三水瑶族乡。