地名由来：元至正元年（1341年），余姚州判叶恒率民再次修筑大古塘，全部易为石堤，该塘自北宋庆历以来历300年之经营，至此始底定规模。有周姓移民来此垦殖而定居于塘南，渐成小巷。沿海鱼虾丰盛，逐步形成集市，故名周巷。(始有村落，并形成海产市场，因周姓人最早居住，故名周巷。宋末元初，就有人搬到这个地域居住，因为最初这一带定居的大多是周姓人士，故该地得名“周巷”。)(据传，曾有文人想把地名取得文雅一点，以“周行”之名代替“周巷”。)清陈梓（字古民）据《诗经》“嗟我怀仁，置彼周行”（《周南-卷耳》）句，主张改“巷”为“行”，一度两字曾混用。1981年7月复名为周巷镇。

2021年12月，浙江省民政厅认定周巷镇为浙江省革命老区乡镇（街道）。

2021年10月，周巷镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第74位。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，周巷镇榜上有名。

2021年9月，周巷镇上榜2021中国高质量发展百强镇，位列第69。

2020年12月，住房和城乡建设部命名周巷镇为全国无障碍环境达标市县村镇。

2020年12月，周巷镇入围第一批浙江省现代商贸特色镇名单。

2020年11月，周巷镇被授予第六届全国文明村镇称号。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，周巷镇榜上有名。

2020年7月，全国爱卫会命名周巷镇为2017-2019周期国家卫生乡镇（县城）。