地名由来：清初开始垦荒，境内新开了四家小店，人们约定俗成地称之为新店，故名。

2015年12月，江苏省商务厅确定新店镇为首批江苏省农村电子商务示范镇。

2012年12月，环境保护部授予新店镇2010—2011年度国家级生态乡镇称号。

如东县辖镇。1958年成立新店公社，1983年改乡，1996年建镇。位于县境西南部，距南通兴仁机场25公里。面积52平方公里，人口2.2万。通洋公路过境，九洋河通航。辖新西、新南、双丰闸、夹路、砂石井、益民、深河、三角渡、北窑、方潭、丰字河、新桥、新中、孙桥、双虹桥、鹤颈湾、垛桥、月池、北新桥、新联、天水、墩港22个村委会。农业以种养业为主，水特产养殖较发达。.

历史沿革：

1959年，更名为新店人民公社。

1983年，改置新店乡。

1996年，撤乡，改置新店镇。

2000年，汤园乡并入。

沿用至今。