地名由来：隋朝以前，水吉原非陆地而是河道，名吉溪，后因被水冲积，向西改道而成乡里。为一志水（冲）积成陆之功，二怀吉溪填移巨变之迹，三忌复有水（冲）积之患，乃铭其绩，祝其祥、隐其害，讳“积”选用谐音“吉”字避之，故名水吉。

2021年12月，水吉镇被确定为2021年度南平市“平安农机”示范乡镇。

建阳市辖镇。1940年～1956年6月为水吉县府驻地。1956年7月撤水吉县后，划入建阳县。1958年改水吉公社，1984年建镇。位于市境东南部，南浦溪中游，距市府25公里。面积278平方公里，人口3万。205国道过境。辖民主、市头、和平、建设、郑墩、营头、青田、吴中、玉瑶、池中、七里岚、渡船头、后井、南岭、良源、南山、叶中、仑尾、陈地、莘溪坪、大梨、黄西溪、双溪、留中、仁山、安口、黄家店、后巷28个村委会和水吉居委会。乡镇企业有农机制造、木材加工、茶叶精制、化工、木竹制品、耐火材料、陶瓷、造纸等厂。竹制品、钢丝刷、精制“贡眉白茶”、“水仙茶”、“花茶”已进入国际市场。农业主产水稻，兼产莲子、芝麻、苎麻、泽泻、茶叶。森林资源丰富。名胜古迹有宋建盏御窑遗址。面积10万平方米，产品“兔毫盏”闻名中外。明建大觉寺、隐峰寺为闽北佛教名刹。

隐峰寺

隐峰寺位于建阳区水吉镇良源村，时代为清代。隐峰寺被公布为县级文物保护单位。

大觉寺

大觉寺位于建阳区水吉镇市头村，时代为明清。大觉寺被公布为县级文物保护单位。

普照塔、联升塔

普照塔、联升塔位于建阳区水吉镇郑墩村，时代为明代。普照塔、联升塔被公布为县级文物保护单位。

历史沿革：

东汉建安年初（196年），以年号建立建安县，水吉受其辖。

北宋治平三年（公元1066年）属瓯宁县为禾供里。

1913年建安、瓯宁县合并为建瓯县，先后为水吉镇、北区、九区、六区。

1938年为全省直辖的三个特种区之一。

1940年10月置水吉县，辖三镇十一乡，九十二保。

1949年解放后仍设水吉县。

1956年撤县并入建阳县，设水吉镇和郑墩区。

1958年9月改为水吉公社。

1966年改称红卫公社。

1968年复名水吉公社。

1984年9月改水吉镇至今。