地名由来：因马店位于霍邱、固始两县交界处。相传，北宋年间，两县知县关系十分友好，经常骑马从羊山（境内一小山名）脚下，丁字路口经过，后一户人家在此开一小店，供应茶水，代铡马草。有一知县路过此处，休息喂马，知县问其店名，店家回答“无名”，知县随道：那就叫“马扎店”吧。以后住户增多，庄农多来集散，简称马店。

2020年12月，马店镇入选2020年度安徽省森林城镇。

霍邱县辖镇。1949年建马店乡，1958年成立公社，1983年改乡，1984年撤乡设镇。位于县境西部，距县城28公里。面积105平方公里，人口3.6万。长(集）南(照）、城(关）马(店）公路交会于此。辖水圩、西楼、五岗、溜山、泉水、煤山、黄桥、李西圩、马井、鞍北、鞍东、谢店、张井、陈山、马山、陆山、茶庵、茶台、金田、芙蓉20个村委会。以农业为主，产水稻、小麦、油菜子。镇办企业有砖瓦、石料等厂。境内地下矿藏有磷、石灰石、石煤、白云石等。全国最大的封建地主之一李梦庚庄园(李家圩)在镇境内，属省级文物保护单位。

历史沿革：

1949年7月建马店乡；1958年10月成立人民公社时取名马店人民公社；1983年9月改为马店乡；1984年11月撤乡建镇，为马店镇。