地名由来：传说清末民初，藏族李王季三家在此修磨房一座，后来因境内有省属企业磨房沟电厂，设立相应的服务机构，形成了一定规模的集镇，故名。

2019年，撤销腊窝乡、联合乡和金林乡，设立磨房沟镇，以原腊窝乡、原联合乡、原金林乡所属行政区域为磨房沟镇的行政区域，磨房沟镇人民政府驻联合路5号。

历史沿革：

2019年12月13日，四川省人民政府关于同意凉山州调整西昌市等6县（市）部分乡镇行政区划的批复（川府民政〔2019〕18号）：撤销腊窝乡、联合乡和金林乡，设立磨房沟镇，以原腊窝乡、原联合乡、原金林乡所属行政区域为磨房沟镇的行政区域，磨房沟镇人民政府驻联合路5号。