地名由来：因马边河过境，河水清澈见底，故名。
2021年1月，清溪镇入选2020年四川省卫生乡镇（街道）名单。
2021年1月，清溪镇入选第三批四川最美古镇古村落名单。
2020年11月，清溪镇被授予第六届全国文明村镇称号。
2018年3月，清溪镇荣获四川省第二批省级森林小镇称号。
2010年7月，清溪镇入选为第五批中国历史文化名镇。
清溪镇位于犍为县城南10公里，东与孝姑镇隔河相望，南与榨古乡、九井乡接壤，西与双溪乡、塘坝乡相连，北紧邻玉津镇。国道213线南北纵贯全境，马边河西东横流而过，水陆交通便捷。全镇面积81.7平方公里，辖26个行政村194个村民小组、2个社区15个居民小组。镇政府位于清溪镇清正街98号，所在海拔高度329米。总人口48589人，其中男25788人、女22801人，非农业人口12156人、农业人口36433人。全镇劳动力25742个，耕地27240亩，农民人均纯收入8385元。
全镇机关职工79人，行政编制43人（其中领导职数8个），实有38人；事业编制30个，实有32人；机关工勤编制3个，实有0人；村官11人，临聘8人。全镇基层支部34个，其中农村26个、社区2个、机关1个、企事业5个，党员1240人。
【农业】粮食播种面积45172亩，总产14600吨。选聘茉莉花科技示范户150户，新发展茉莉花5073.21亩，形成标准化栽培基地2500亩，全镇茉莉花种植1.5873万亩，产花4000余吨，产值8000余万元，共加工花茶、绿茶等产品4000余吨，产值超2亿元。林竹管护18800亩，新栽竹100亩，产竹材35200吨，产值1584万元。巩固退耕还林10075亩，天保森林管护18716亩。全年共出栏生猪65075头、牛羊3100头（只）、兔10.0万只、家禽80.09万只，禽蛋产量2730吨，牛奶15.5吨，蜂蜜25吨。
【农田建设与农技推广】实施土地整理13147亩，新增耕地1288亩；新农村示范片新修联网道路2条1.1公里、硬化组道路25公里；新修水渠1公里，维修水渠7.3公里，整治石河堰1道、提灌站3座；新建蓄水池3口，新增提灌站设施11台。投资110万元，改造机电提灌设施230台，购买旋耕机125台、增氧机9台、机制喷雾器13台、插秧机2台。推广杂交水稻优良品种，主推的优良组合有川香优系列、D优系列等10多个品种。共推广杂交水稻种2.1万公斤、玉米种5000公斤。
【中小企业】全镇中小企业663个，职工4879人，其中工业企业105个，职工3596人。中小企业入库税金448万元。新增劳务输出233人。
【文教卫生】幼儿园13所，在园幼儿1861人；小学3所，在校生2414人；中学1所，在校生1677人；高中1所，在校生1826人，共有教职工462人。医院2所，医生87人，床位92张；村卫生室26个，卫生员26人。37264人参加了新型农村合作医疗保险，实施农村孕产妇住院分娩补助，农村孕产妇住院分娩率98%以上，农村孕产妇死亡率低于27/10万，农村婴儿死亡率低于9.5‰。争取资金1200万元拟对核心保护区河堤进行治理，投资40万元着手制订古镇保护规划。清溪镇被命名为“中国茉莉花之乡”和“中国历史文化名镇”。全年新发展农家乐5户，旅游环线12户农家乐共接待游客69822人次，实现经营收入1040万元。继四星级农家乐蜀南茉莉香都建成之后，又新引进了沉犀秋月度假酒店项目。
【人口与计划生育】全年出生438人，出生率9.00‰,死亡347人，死亡率7.13‰；计划生育率85%，自然增长率2.6‰；落实农村计划生育家庭奖励扶助178户和计划生育家庭特别奖励扶助23户，两项工作的误差率为0；“三查”率91.5%；长效节育率93.7%以上。全年征收社会抚养费95.73万余元。
【社会生活】全镇城镇低保共813户1467人，月发放城镇低保金28.04万元；农村低保780户1559人，月发放农村低保金14.3万元；全镇共有五保户157人，五保集中供养率99%。全年共有165人享受了大病医疗救助24.8万元。全年共办理社会养老保险19人,办理新型农村养老保险7459人，城乡居民基本医疗保险36496人，全镇参保率90.5%。全年共落实粮食直补、家电摩托车下乡等各项惠农补助资金199.9万元。其中农资综合补贴92.6万元，水稻、玉米、油菜良种补贴30.6万元，粮食直补32.1万元，家电摩托车下乡补贴15.6万元，农机补贴29万元。
【基础设施建设】完成220千伏变电站电力线路接地线铺设和35千伏城清线路架设，220千伏输变电站并网运行。投资2500万元，新修改建公路128.4公里，开通26个村的城乡公交车。投资80多万元建成筒车、沉犀、灌引、龙门4个村级活动中心。整治石河堰1道、提灌站3座，新建蓄水池3口，新增提灌站设施11台，机电提灌站维修改造230台。实施土地整理13147亩，新增耕地288亩。投资2615万元，新建小康农居164户，农房风貌改造105户。增设垃圾中转站6个，新建各类垃圾池15个，聘请环卫工人42人。安装路灯44盏，增设不锈钢隔离栏2000米。新安装太阳能热水器308台，新增光纤电视用户405户，有线电视和电话普及率95%以上。
【精神文明和民主法制建设】全年摸排线索19条，破获刑事案件38起，破获治安案件30起。发案率同比下降5.5%。协调各类民事纠纷256件，调解成功251件，成功率98%以上。全镇未发生赴省集访、进京非正常-和重大群体-件。强化法制宣传教育，开展“法律进机关、法律进乡村、法律进社区、法律进学校”的“法律四进”活动，开展各类法律法规宣传8场次，受教育群众1.2万人。
发放各种科学书籍资料25100余份，举办各类短训，参加约2899人次。在中小学中开展各种科技活动和爱祖国、爱人民、爱科学、长大立志建设家乡的主题活动。
【其他】实施妇女创业小额贷款1200余万元。解决困难倒房的重建工作123户。累计发放救助资金51.2余万元；全年共发放救灾资金15.6万元，发放临时救济4.1万元，法律援助13次。落实灾后重建户8户，补助21万元。
全镇70%以上的村配有农家书屋，开办农村现代远程教育系统，举办各类培训班12期，参训500余人次。组建村社区健身腰鼓队5支，开展腰鼓、秧歌、篮球比赛等群体性文体活动2次。
落实经费85余万元，牵挂标语20幅，书写永久性标语2幅，爱国卫生宣传标语300余份，印发《倡议书》、《宣传提纲》10000份，环境综合整治专栏、板报、橱窗66余期。规范市场经营秩序，科学设置临时摊区，做到摊点规区、坐商归店、行商归市，还街（路）于民，取缔各种占道经营摊点120个，教育850人次，纠正乱停乱放车辆500多辆，移交交警队照相处罚20人。投入150万元，增设不锈钢隔离栏2000米，拆除雨篷300余户4500余平方米，增设各种垃圾处理设备，修补街面600余平米，搬迁长达数十年的五龙场木材加工交易市场。清理整顿煤坝6处，规范汽车修理户3户，纠正占道洗车2处。
投资9517万元，打造胭脂、渠成等10个新农村示范村，规范沉犀、渠成、灌引等村的茉莉花生态观光休闲园建设，种植观赏型茉莉花4000余亩。总投资2860万元，集“漂流服务、桫椤湖游览、茉莉花观光体验、餐饮娱乐、休闲度假”于一体的生态观光休闲景区蜀南茉莉香都，全年接待游客18860人次，实现经营收入177万元。
桫椤湖景观大道占地约404亩，途经筒车、胭脂、三山、百箩、洛江、沉犀、渠成、灌引共8个村22个组，拆迁户67户。
四川新思味年产2万吨特色泡菜生产线项目占地65.12亩，位于百箩村7组、三山村1和2组、胭脂村8和9组交汇地带，施工单位已进场施工。
国道213改道（清溪绕镇线）建设占地约280亩，途经胭脂、南岸、盐坪、五龙、保安共5个村11个组。
蜀南茉莉香都景区
蜀南茉莉香都景区是国家AA级景区，位于乐山市犍为县清溪镇沉犀村，坐落在古犍为郡遗址上，距乐宜高速犍为南出口6公里，离乐山大佛60公里，是犍为黄金旅游环线(嘉阳小火车——芭马峡——桫椤湖——蜀
历史沿革：
镇境夏商周时，为古蜀国领地。
秦朝时属蜀郡，汉朝属犍为郡南安县（今乐山），汉通西南夷后，于清溪镇设清溪驿。
两晋南北朝基本沿袭旧制。
北周属戎州（今宜宾），保定三（563年）年，今犍为县境置沉犀郡，辖武阳县，镇境属之。
沉犀郡郡治一说在岷江东岸，一说在今清溪镇沉犀坝。
隋朝开皇三年（583年），沉犀郡废，改武阳县为戎州犍为县，镇境属之。
唐朝永徽元年（650年），于今清溪镇，在始置惩非镇。
唐朝上元元年（674年），改犍为县属嘉州，镇境属嘉州犍为县并沿袭到今。
宋朝真宗大中祥符四年（1011年），始为犍为县治所，至明朝洪武四年（1371年）作县治所共历360年时间。
明洪武九年（1376年），因清水溪流过，旧有清溪驿，遂改名清溪乡，后改清溪镇。
1910年，改为德裕镇。
民国二十二年（1933年），复改为清溪镇，辖36保。
1953年，土改时分置为清溪镇（只辖街道居民）、龙马乡、永乐乡、沉犀乡、公益乡、四平乡、永安乡、新建乡。
1955年12月，撤销新建乡，将原孝姑15保、榨鼓第9保分别划入孝姑、榨鼓两乡，其余并入四平乡。
1956年3月，永乐乡和沉犀乡并入龙马乡。
公益乡、永安乡并入四平乡，清溪镇仍只辖街道。
1958年9月，龙马、四平、麻柳、九井4乡和清溪镇合并建立清溪人民公社。
1959年7月，撤销清溪人民公社，分置为清溪镇（只辖街道）和龙马、四平、麻柳、九井4个公社。
1962年7月分别从四平、孝姑、榨鼓划出原新建乡辖地建立新建人民公社。
1981年9月，新建公社更名为南岸公社，龙马公社更名为洛江公社。
1990年1月，撤销洛江乡并入清溪镇。
1992年8月，撤销四平乡和南岸乡并入清溪镇。