地名由来：牟子场创自明代，前清重建。传说，此地原为荒坝，牧童经常在此放牛，牛声哞哞，故名牟子场。又一说，此地盛产大麦，因而得名。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，牟子镇榜上有名。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，牟子镇榜上有名。

2019年，撤销关庙乡，将其所属行政区域划归牟子镇管辖。调整后，牟子镇辖牟子场社区、白果村、武皇村、老龙村、菜利村、强鸣村、槐子村和原关庙乡所属行政区域，牟子镇人民政府驻龙马路939号。

历史沿革：

牟子镇古称牟子铺又称牟子场、萝卜场。

牟子据民国《乐山县志》记载“牟子场创自明代，清重建，史上在此设牟子铺为商业、丝绸、油、盐、酒、锅等物通仁、井、省坦大道”。

1934年属平羌乡，1952年置晨东乡、关庙乡、牟子乡。

1955年将晨东乡的全部，关庙乡的4个村划属牟子乡。

1958年又将关庙乡的全部划属牟子乡建立红旗公社，辖6个管区，1个蔬菜农场。

1959年，又将红旗公社分为牟子公社和关庙公社。

1984年改牟子公社为乡。

1992年调整乡镇建制，撤销牟子乡，新建牟子镇，将关庙乡并入牟子镇。

1999年将牟子镇分为牟子镇和关庙乡。

2019年12月，将牟子镇翡翠社区、沟儿口村、马边河村、三桥村所属行政区域划归全福街道管辖并撤销关庙乡改属牟子镇。