地名由来：附近有一溪流，内有芗草的小集镇，故名“芗溪”。

2023年1月，江西省爱卫会命名芗溪乡为2022年度江西省卫生乡镇。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，芗溪乡榜上有名。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，芗溪乡榜上有名。

芗溪乡位于都昌县东南部，东界南峰镇，南濒鄱阳湖，西连万户镇，北邻狮山乡，总面积28.7平方公里。下辖8个村委会、1个居委会、一个良种场。现有人口5114户25766人，全乡耕地面积1.8万亩（其中水田0.6万亩，旱地1.2万亩），水面6400余亩，山地3800亩。水域与鄱阳、新建相连，是典型的湖区乡镇。

近年来芗溪乡充分发挥水面等资源优势，鼓励和支持农户进行产业结构调整，大力发展特种种、养殖业。仅鲫鱼、鲈鱼、厥鱼等特种水产网箱养殖规模达5300箱，全乡水产专业户发展到200余户，同时努力发展壮大豆参等农副产品深加工业，全乡有近500户农户从事豆参、水产品加工，产品销往北京、湖南、浙江、上海等省市。该乡大力鼓励农民种植棉花，2006年已发展到4000余亩。依托本地资源，已先后创办棉花、建筑材料、水产品加工企业8家。

历史沿革：

清代，为长宁乡。

1936年，为鼎新乡，属三区。

1944年，为南溪乡，属环山区。

1949年前夕属南溪乡和平池乡一部份。

1949年初属第六区。

1957年，属南峰区。

1958年成立芗溪人民公社。

1960年并入南峰人民公社，1963年复置芗溪人民公社。

1968年又并入南峰人民公社，1973年复置芗溪人民公社。

1984年，为芗溪乡，沿用至今。