地名由来：据村前出土汉陶器所示，秦汉时，此地就是村落。1979年，村民孔庆金在为女桥下挖出一石碑，上书大唐南陵字样。因此村位于一土陵之南而名之南陵。村旁有一小村名玉兰村，后与南陵连成一片，曾名兰陵。村东天齐庙内明《兰陵故址》碑载：“······国朝以前是皇家通邮的官府驿站······”。旧时村周曾筑围墙、寨门、吊桥等，俨如城堡，故习称兰陵城，但非楚荀况为兰陵令之城也。相传，明洪武二十二年（1389），鲁荒王朱檀在邹县尚寨设行宫，常往来其间。一次，驾行宫，炼制“仙丹”，招致“饵金不药，毒发伤目”。急返兖州鲁王府，行至此村南石桥而薨，故石桥名“晏驾桥”。朱檀死后停灵殓殡，故村名改为灵城。明崇祯版《曲阜县志》载：“城（指曲阜城）西南十五里为灵城”。明灭，灵城的“灵”字遂复“陵”字。清乾隆版《曲阜县志》记载：“城西南十有四村，······陵城”。

2023年4月，山东省住房和城乡建设厅确定陵城镇为山东省小城镇创新提升行动试点镇（卫星镇）。

2021年10月，陵城镇上榜2021年全国千强镇名单，排名第575位。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，陵城镇榜上有名。

2021年4月，陵城镇入选农业农村部、财政部2021年农业强镇创建名单。

2020年12月，山东省农业农村厅公布2020年山东省农业产业强镇名单，陵城镇榜上有名。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，陵城镇榜上有名。

2019年10月，2019年度全国综合实力千强镇榜单公布，陵城镇位列第827名。

2018年12月，山东省文明委推选陵城镇为2018年度山东省省级文明村镇。

2014年9月，环境保护部授予陵城镇2012年—2013年度国家级生态乡镇称号。