地名由来：秃亥，蒙古语意为“河湾子”。因地处枪盘河上游河湾处得名。后分为上、下两个村，始有今名。

2022年4月，上秃亥乡入选2022年农业产业强镇创建名单。

2021年10月，农业农村部认定上秃亥乡为第十一批全国一村一品示范村镇（马铃薯）。

上秃亥乡因所在地在上秃亥村而得名，秃亥是蒙语意为“拐弯子”。位于武川县中部丘陵区，距县城西北15千米处，东与厂汉木台乡接壤，西南分别与中后河乡、东土城乡交界。总面积119.5平方千米。辖4个行政村，40个自然村，有农业人口8209人。1936年，成立了义和乡，建国后划归厂汉木台乡管辖，1962年，成立上秃亥人民公社，1984年改设上秃亥乡。