地名由来：因初此处有一家驿站，送信的人在此处换马，故得名马店，又因周边名为马店的集市较多，且朱姓居民较多，为与其他集市区分，加了一个朱，故得名朱马店。

2022年12月，安徽省委农村工作领导小组公布安徽省乡村振兴示范镇创建名单，朱马店镇上榜。

2022年2月，安徽省爱国卫生运动委员会命名朱马店镇为2021年度安徽省卫生乡镇（街道）。

2020年4月，朱马店镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。

朱马店镇是全省６３家建制中心镇之一，土地６８．８平方公里，耕地５.４７万亩，人口超过４万，全镇辖１５个行政村，１１０个自然庄。近年来，朱马店镇加快小城镇建设步伐，构建了纵横交织的城镇框架，其专业市场辐射周边乡镇，带动了一方经济发展。朱马店镇还立足镇情，抓传统特色产业，其“羊肉汤”、响誉全国，并由此形成了１０万只山羊养殖基地。在种植业上，朱马店镇在全省率先打造糯米绿色品牌，制定农业标准化生产规程，规模生产无公害糯稻。“马店羊肉”、“银凤”糯米作为二块叩响世界农产品市场的敲门砖，为朱马店镇经济腾飞插上了有力的双翅。相信，这颗镶嵌在州来大地上的明珠在新时期一定会折射出更加璀璨的光芒！.

历史沿革：

1949年成立马店乡。

1958年成立马店人民公社，隶属县。

1961年9月属马店区。

1969年4月直属县。

1983年设区划乡，设马店区马店乡。

1992年撤区并乡，马店乡和肖集乡合并成立朱马店镇，并沿用至今。