地名由来：北宋建隆元年（960），村南挖了一条运粮河（赵王河），该村设有码头并形成集市，故改村名为码头集，习写马头集。镇政府驻地马头集村，而得名马头镇。

2022年4月，马头镇被确定为第三批山东省乡村振兴“十百千”示范创建乡（镇、街）。

2020年12月，山东省农业农村厅公布2020年山东省农业产业强镇名单，马头镇榜上有名。

2019年7月，马头镇入选2019年全国农业产业强镇建设名单。

东明县辖镇。全国闻名的西瓜之乡。1958年设马头公社管理区，1984年改马头乡，1994年设镇。位于县城南，距县城31公里。面积84.7平方公里，人口3.1万。辖马坊、靳庄、李龙庄、邵庄、柳园、牛皮店、马厂、新庄、李庄、关庄、南街、西街、西门、盛店、北街、东街、权东寺、夹堤王、柳林、王祥占、王头、李唐桥、王街、赵街、姚村、李六屯、小康寺、梁坊、苏占、陈占、小屯、安本屯、郭屯、鲍夫庄、祥付营、豆占、解庄、牛八屯38个村委会。农业以花生、西瓜、棉花为主。工业产品主要有毛板、抱花板、鬃毛与电子设备。

东寺孙氏家族墓

东寺孙氏家族墓位于东明县马头镇。年代为明。2013年，东寺孙氏家族墓被山东省人民政府公布为山东省第四批省级文物保护单位。

历史沿革：

该村隋唐时为冤句旧地；金哀宗天兴元年（1232）析东明南六乡（含该村）为兰阳县；明清时期，属直隶东明县。

其四关（该村南关、西关及盛店、北关及之贾庄，东关之权庄）由河南祥符、河北长垣和河南陈留分辖；1911年属东明第五乡；1933属东明县六区；1948年属东明县第五区。

1958成立马头公社。

1961年成立马头区，1963年撤区恢复马头公社。

1984年设立马头乡，1996年撤销马头乡设立马头镇人民政府至今。