地名由来：“巴藏”，藏语意为水草丰茂的地方，乡以沟名，故称为巴藏沟乡。

巴藏沟回族乡位于县境东南部，距县府驻地17千米。人口0.4万，以汉族为主，其中回族占总人口的31.6％。面积68.8平方千米。辖上郭尔、堂寺尔、下郭尔、上马家、清泉、下马家、河东、李家、索家、巴家、上星家、下星家、尔观13个村委会。1949年沿旧制为新庄尔（沙沟）乡辖地，1958年并入先锋公社（后改平安公社）。1960年划归西宁市，1962年复归湟中县，1978年划归平安县，1980年从沙沟公社析置巴藏沟公社，1984年设巴藏沟乡，同年改设巴藏沟回族乡。

历史沿革：

1949年，巴藏沟乡境域沿旧制为湟中县新庄尔（沙沟）乡辖地。

1958年，并入先锋公社（后改为平安公社）。

1960年，划归西宁市。

1962年，复归湟中县。

1978年，划归平安县。

1980年，从沙沟公社析置巴藏沟公社。

1984年，设巴藏沟乡，同年改设巴藏沟回族乡。