地名由来：南门峡镇因境内南面有峡谷如巨门雄立，故名。

2022年11月，文化和旅游部确定南门峡镇为第二批全国乡村旅游重点镇（乡）。

南门峡镇位于县境西北部，距县府驻地20千米。人口2万，以汉族为主，还有藏、土、回族。总面积265.3平方千米。辖却藏寺、尔沟、大老虎沟、祁家庄、西坡、麻其、七塔尔、东沟、尕寺加、西山根、峡口、北沟脑、古边、卷槽14个村委会。原属大通县隆旺乡，1954年划归互助县，1958年与丰稔乡合并为却藏寺乡后并入五峰公社，1959年分设南门峡公社，1983年改设南门峡乡。

南门峡湿地公园

南门峡湿地公园位于青海省互助土族自治县南门峡镇，在祁连山南麓，大阪山雪山脚下，境内河流均属黄河支流谎水水系，系黄河源头之一。公园地处黄土高原与青藏高原交错嵌接地带，具有两大高原的自然特点，地

历史沿革：

从西汉至清代，隶属于安夷、西都、鄯城、大通等县。

民国十九年（1930年），隶属于大通县隆旺乡。

1954年，划归互助县。

1958年，与丰稔乡合并为却藏寺乡，后并入五峰公社。

1959年，分设南门峡公社。

1983年，改设南门峡乡。

2001年3月19日，撤乡改南门峡镇。