地名由来：因境内有马王庙，取“马庙”二字得名。

2022年2月，安徽省爱国卫生运动委员会命名马庙镇为2021年度安徽省卫生乡镇（街道）。

2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，马庙镇榜上有名。

2020年12月，马庙镇入选2020年度安徽省森林城镇。

2020年9月，阿里研究院公布2020年淘宝镇，马庙镇榜上有名。

2020年4月，马庙镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。

与新县城毗邻比肩，与天柱山含情对视，与安庆市咫尺牵手，与黄鹤楼遥相伫望，这就是座落在桐、怀、潜三县（市）交界处的怀宁县马庙镇。全镇总面积80平方公里，耕地3.2万亩，下辖13个行政村、3个居委会，总人口为4.6万人，共设39个基层党组织，现有党员1329人。

马庙镇历史悠久，底蕴深厚。在旧石器时代就有人类在此繁衍生息，经过刀耕斧削和含辛茹血的辛勤劳作，祖祖辈辈们先后创造出了灿烂的文明，境内古文化遗址遍布，古文物价值连城，其中栗岗村境内的孙家城土城遗址，已被确认为新石器时代文化遗存，采集的标本有石斧、石铲、石环、鼎足、陶片等，现已公布为全省第五批重点文物保护单位。其名称的来历也颇具传奇色彩：相传三国时期，曹操在此得太子曹丕，路过境内芦峰寺抽签祷告后屡战屡胜，于是杀坐骑祭祀当地的一座小庙，后人称之为“马王庙”，现简称马庙。马庙镇的前称为育儿乡，以境内的育儿村而得名；育儿村旧称“浴儿城”，此故事仍与曹操有关，说他曾在此地“浴儿”，“浴”后来演变为“育”；据考古发现，“浴儿城”乃一商周时期文化遗址，至今犹在，中心地带现已被用于农业综合开发，其护城河常年碧波绿水，鱼虾欢跳，是一处极富开发价值的人文景观。位于太庙村的太子墩、汪洋村的汪洋寺也是不可多得的旅游景点，将其纳入皖西南旅游圈，必定促进朝阳产业的健康发展，打造地方经济的名片特色。

马庙镇钟灵毓秀，物产富饶，历史上素有“物华之乡”、“鱼米之乡”的美誉。近年来，富有开拓进取、勇于创新精神的马庙人民，对此并不满足，他们在这方热土上，凭借一双双勤劳的大手，以特色为“指挥棒”，以科技为“点金术”，以服务为“保护神”，用如椽大笔写下了华美的篇章，现在农业生产上不仅形成了“田成方、树成行、渠相通、道相连”的全新格局，而且取得了明显的经济效益、社会效益和生态效益，为农业发展装上了“助推器”，为农村稳定装上了“稳压器”，为农民增收装上了“起飞器”；同时镇党委、政府坚持实施工业强镇、改革开放、可持续发展和小城镇建设等四大目标，以民营经济、园区经济、开放型经济和特色经济为四大“抓手”，已经初步形成了特种纸、板材、塑业、肠衣、化工、建材、彩印及包装等主导产业，目前是华东地区有较大影响的板材生产基地之一，安徽省政府批准的二十个产业集群之一。

孙家城遗址

孙家城遗址，位于安徽省安庆市怀宁县马庙镇粟岗村。遗址东西长约750米，南北宽约430米，东、西、南三面为环形土城，北面为大沙河，文化层厚1米—8米不等，文化堆积散布城内，面积32万平方米，城

怀宁城河遗址

城河遗址位于怀宁县马庙镇城河村。遗址四面环水，为水中小岛，四周高如城墙。遗址内文化堆积厚约1—4米不等，文化层中夹有一层沙石层，遗存中夹有砂灰陶片、灰砂红陶片、印纹硬陶片、鼎足、鬲足等，纹饰

历史沿革：

1945年设育儿乡；1950年，分属高河区和新安区；1958年成立育儿人民公社，后并入高河人民公社；1961年恢复育儿公社；1969年将枫林辖区并入新安公社；1984年，体制改革，新安公社改为育儿乡；1992年将育儿乡的新山、凌桥两村村民委员会划归高河镇，撤育儿乡设马庙镇；2004年11月，原枫林乡划入马庙镇，属怀宁县管辖，地名沿用至今。